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在完善排污许可证制度的听证程序时，进一步明确涉及公共利益的排污许可证的范围，使公众有更多的机会参与到听证过程中，公众的意见能得到有效的反映和处理，避免走过场和浪费国家资源。
4．体现公平、公正的原则
环境行政主管机关在实施排污许可管理时应当做到公平、公正。所谓公平原则，即是法的平等保护原则：平等对待当事人，相同事件相同处理，非有合法正当理由，不得对申请人和利害关系人以歧视和偏见。所谓公正原则，包括实体公正和程序公正。实体公正要求行政行为的结果合理、正当。
但是排污许可证制度实施过程中，也存在着一些引起企业不公平竞争的现象。首先，关于许可证的适用范围。目前许可证制度主要作为总量控制制度的配套性制度而建立，总量控制制度对一个特定区域容纳特定污染物的总量进行了封顶，处于该区域内的排污者排放该特定污染物的总量也被锁定。总量控制通常是比浓度控制更严格的控制方式，因而，在总量控制区及非总量控制区的企业之间产生了污染控制的不同要求。非总量控制区内的企业排放相同的污染物，只要浓度达标，其总量不受限制，而总量控制区内的企业有总量控制要求，甚至要逐年削减其排放总量。其次，关于许可证的适用对象。由于总量控制的目标在于削减一个地区污染物排放的总量，而一个特定地区污染物排放总量主要由少数大企业产生。为了早见成效，许多地区采取抓大放小的方法，只对大企业实施许可证制度，实行总量控制。[5]因而，在企业和中小企业之间又产生了不公平对待问题。当然绝对的公平是不可能的，为了做到相对公平，许可证管理过程必须尽可能地公开和透明，异议有机会反映。
（三）改善排污许可证的实施机制
发放排污许可证不是许可证制度的结束而是开始，许可证制度的作用必须通过许可证的实施来最终实现。许可证的实施机制是综合的，本文此处主要聚焦于三个方面：
1．政府实施机制
许可证制度属于一种典型的命令和控制型手段。因此，政府的实施是关键，没有一个强大的政府实施机制，其它主体的实施将缺乏基础和保障。
第一，应加强中央政府在实施全国范围的排污许可制度以及监督下级政府的实施方面的权威和能力。在环境保护方面，各国政府一开始走的是一条大致相同的路子，即加强中央集中管制。无论是联邦制，还是单一制的国家。如美国、欧洲各国、日本等国于20世纪60年代末、70年代初建立了以政府（特别是中央政府）为主导的环境管制体系。许可证制度则是政府管制的支柱。为此，欧美各国建立了强大的政府环保许可证执法机制。然而这种高度集中的政府管制也引起了一些负面影响，如过于刚性，阻碍私人企业的创造性和自主性的发挥，地方政府和企业执法的积极性不高。于是，从90年代开始，欧美各国进行了非中心化和减少管制的改革，增加地方政府的执法权和企业的参与性。
从表面上看，中国的环境管制的发展历程也较为相似。从集权式政府管制为主，到加强分权式的政府管制，但是其形成的基础与欧美国家不同，欧美国家的环境管制形成于成熟的市场经济体制，中国的环境管制产生于计划经济体制。中国在建立市场经济体制的过程中减少政府管制和转变政府职能及增加地方政府自治权力的改革也同时进行，但这从集权到分权的转变是为了配合从计划经济到市场经济的转轨。而与市场经济体制相适应的政府管制却尚未能很好建立起来。在许多需要政府进行宏观调控和总体控制的领域，中央政府难以有效地实施法律。在环境保护领域，面临市场失灵和政府失灵的双重挑战，政府违法违规决策和发展的现象较为普遍，而且越是基层的政府越容易受企业界的影响。在目前这一阶段，仍然应重点建设与市场经济体制相适应的集权式的政府环境管制，加强中央政府实施环境法的权威。
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