第三，以排污许可证制度作为污染管理的中心环节，将排污许可证制度和其他制度结合起来，环境影响评价制度、“三同时”制度作为企业能否获得排污许可证先决条件，排污许可证为环境影响评价制度、“三同时”制度把关；把限期治理制度作为取得正式许可证及维持许可证的附属制度；将排污许可证制度与排污申报登记和核准制度结合起来、将排污收费制度与总量控制制度和排污指标的拥有结合起来，使各项制度能协同发挥作用。最近，国家环保总局决定在深圳等6个城市开展综合排污许可证试点工作，使排污许可证成为反映企业环境责、权、利的法律文书和凭证，做到依证管理，按证排污，违证处罚，规范排污者的环境行为。这一试点旨在深化污染防治工作，探索一证式管理模式，探索建立以环境容量为基础、以排污许可证为主要管理手段、以改善环境质量为目标的污染防治管理体制，建立和完善污染物排放总量监测报告制度和排污许可证动态管理信息系统，规范对排污者的管理。[4]这是有益的探索。
第四，提高许可证的效力和权威性。排污许可证是确定企业能否排污、以及以什么方式排污的直接依据，没有许可证一律不准排污。违反许可证将会受到惩罚，甚至吊销许可证。使排污许可证有决定排污者命运的作用，也使环境管理部门有实质性的控制措施。无需别人再赋予一票否决权。
第五，统一排污许可证的形式。取消临时排污许可证，不再留尾巴。按许可证管理的最早规定，许可证分为两种：排污许可证和临时排污许可证。对达到污染物排放标准和总量控制要求的排污者发放排污许可证；对尚未达到排放标准或总量控制要求的排污者发放临时排污许可证。但是该制度已经试行了那么多年，仍然保留临时许可证不够严肃。而且，国家法律和政策早就要求所有污染源都要实现达标排放，未能达标的都应限期治理，因而，也不能取得许可证。
（二）完善排污许可证管理的程序，保护公众的利益
1．简化许可证的申请和审查程序
《
行政许可法》第
二十九条规定：“申请书需要采用格式文本的，行政机关应当向申请人提供行政许可申请书格式文本。申请人可以委托代理人提出行政许可申请。但是，依法应当由申请人到行政机关办公场所提出行政许可申请的除外。
行政许可申请可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出。”依据此条规定，排污许可证的申请形式应该多样化，给申请人提供多种可选择的方式，特别是网上申请这类高效率的方式，应得到大力推广，以体现行政程序的便民原则，同时也能避免申请人与环境保护部门工作人员进行更多的接触，保证排污许可的公正性。
同时，环境行政机关应该提供排污许可申请书的示范文本，并教授申请人如何填写。目前许多城市的环保局都在网上发布了该地域的排污申请书，并且提供了范本指导申请人填写，这是非常值得提倡推广的作法。
2．建立公众参与制度
（1）建立信息公开制度
环境问题的公共性、环境保护的公益性，导致环境信息具有公共性，这些信息必须与公众分享。由于每一份排污许可几乎都涉及公众健康与安全，公众应有权监督许可证的发放和管理过程。信息的获得是监督的基础，许可证申请及管理过程中的相关信息，如项目的性质、排放污染物的情况和许可证的发放情况等，除了涉及国家安全、商业秘密等依法需要保密的以外，应逐步全面公开，至少可以为公众通过特定的途径获取，公众可以将从公开途径获得的数据资料直接用于维护自己权益和其它合法活动之中，而不必一定通过委托监测的方法获取相关数据及资料，造成不必要的障碍和浪费。
