（二）法律对该制度的认识和定位不准
排污许可证制度，一开始就是作为一项附属性制度出现，主要为实施污染物总量控制，即分配排污指标服务，而不是作为准许、核定、规制所有排污行为的管理制度。排污许可证强大的作用得不到全面发挥。总量控制制度由于种种原因尚未能很好推行，依附于其上的许可证制度也因而处于不死不活的状态。
（三）行政传统的影响
行政机关的活动传统上不重视程序正义，不重视公众参与和相对人利益的保护。我国现有的排污许可证立法中的程序性内容相当不完善，《
行政许可法》所要求的“设定和实施行政许可，应当遵循公开、公平、公正的原则”尚未得到具体体现。许可证制度中公众参与严重不足，无论是企业还是政府部门，对信息公开和公众参与的都缺乏热情，有的甚至认为没有必要。企业的顾虑是信息公开会造成社会居民的恐慌，从而增加自己的压力；而在发证中举行公开听证会没有实质意义，因为参加的群众不是专业人士，对污染控制没有专业知识。政府的顾虑则是政府机关的人手有限，征集公众意见及组织听证会，需要大量的人力、物力资源。所以，排污许可证的公众参与制度目前依然是纸上谈兵，公共利益保护机制尚未建立起来。
其它环境立法，除了新颁布的《
环境影响评价法》有少量的公众参与内容外，对环境保护中的信息公开和公众参与也没有具体要求和指引。排污监测数据和其它资料只在排污者和政府部门之间交流。国家环保总局于1999年颁布的《
污染源监测管理办法》是目前为止对污染源的监测工作做的最全面的规定，从其内容可知，污染监测结果和数据只为政府部门执法和管理所用，公众根本无法获得及使用。
（四）经济技术上存在障碍
由于将排污许可证制度与总量控制制度捆绑在一起，总量控制制度的推行需要强大的经济技术支持，而目前这种经济技术供给仍然不足够，如环境容量的测定目前还没有非常成熟的技术手段，而且成本昂贵。为准确跟踪企业的排污情况，需要受监控的企业安装连续排放监测系统，这对大部分企业而言是一个较大的负担，企业有较大的抵触。
四、排污许可制度的出路
为了将排污许可证制度改造成环境法的基本制度和环境管理的支柱性制度，
（一）重新确定排污许可证制度的法律地位
首先，应当在《
环境保护法》中明确其基本制度的地位。基本制度的实施具有全面性和普遍性，对直接或间接向环境排放污染物的行为全面进行发证管理是国际的普遍做法，应为发展的必然趋势，《
环境保护法》在修改时应为其发展建立基础并留有余地。而不能将其适用范围仍局限于个别区域和重点污染物。排污许可证的适用范围应尽可能明确、具体、公开、稳定，不在相同主体之间产生不公平对待、不平等竞争的后果。
其次，应将排污许可证制度从总量控制的框架内独立出来，作为一项对排污行为进行全面控制和管理的制度。不仅实行总量控制的污染物的排放需要申领许可证，实行浓度控制的污染物的排放也需要申领许可证。总量控制许可证根据国家和地方的污染物总量控制计划发放，浓度控制许可证则在申请者经过环境影响评价审批和“三同时”验收后，按照浓度控制和其他法律要求发放。
