其次，缺乏异议和听取公众意见程序。环境行政主管机关在做出排污许可决定前并未听取排污单位、与排污有切身利益关系的利害关系人和社会公众的意见。异议没有相应的途径反映。
第三，手续繁多、耗时过长。向环境行政主管机关申领更换排污许可证的手续繁杂，而且要求提供的资料也很复杂，其中有些是不必要的资料。对于一些污染大户的重点治理存在内部行政行为外部化的现象，使申请人增加了许多不必要的负担。排污许可实施程序的期限过长，从提出许可申请到最后发放许可证一般要拖几个月，有时甚至要半年。环境行政主管机关审批的内部程序过于复杂。
三、影响排污许可制度实施的制约因素
（一）法律的支撑不够
在国际上被当作一项支柱性法律制度的排污许可证制度，在我国最初以政策的形式提出和明确，存在着法律依据的先天不足。目前对排污许可证制度进行了规定的法律法规和行政规章有1988年国家环境保护局发布的《
水污染物排放许可证管理暂行办法》、2000年全国人大常委会修订后的《
大气污染防治法》、2000年国务院修订后的《
水污染防治法实施细则》。这些法律规范远远不足于将排污许可证支撑为环境法的一项基本制度。而且这些规定又缺乏配套的技术规范，没有具体的步骤与措施，缺乏操作性。
在《
行政许可法》颁布后，作为地方实施排污许可制度的具体法律依据的许多地方立法的法律效力有缺陷，甚至将失效。《
行政许可法》第2章对行政许可的设定权作了具体的规定：其第
14条规定：“…法律可以设定行政许可。尚未制定法律的，行政法规可以设定行政许可。必要时，国务院可以采用发布决定的方式设定行政许可。实施后，除临时性行政许可事项外，国务院应当及时提请全国人民代表大会及其常务委员会制定法律，或者自行制定行政法规。”第15条规定：“…尚未制定法律、行政法规的，地方性法规可以设定行政许可；尚未制定法律、行政法规和地方性法规的，因行政管理的需要，确需立即实施行政许可的，省、自治区、直辖市人民政府规章可以设定临时性的行政许可。临时性的行政许可实施满一年需要继续实施的，应当提请本级人民代表大会及其常务委员会制定地方性法规。地方性法规和省、自治区、直辖市人民政府规章，不得设定应当由国家统一确定的公民、法人或者其他组织的资格、资质的行政许可；不得设定企业或者其他组织的设立登记及其前置性行政许可。其设定的行政许可，不得限制其他地区的个人或者企业到本地区从事生产经营和提供服务，不得限制其他地区的商品进入本地区市场。”第16条规定：“行政法规可以在法律设定的行政许可事项范围内，对实施该行政许可作出具体规定。 地方性法规可以在法律、行政法规设定的行政许可事项范围内，对实施该行政许可作出具体规定。规章可以在上位法设定的行政许可事项范围内，对实施该行政许可作出具体规定。法规、规章对实施上位法设定的行政许可作出的具体规定，不得增设行政许可；对行政许可条件作出的具体规定，不得增设违反上位法的其他条件。第17条规定：“除本法第十四条、第十五条规定的外，其他规范性文件一律不得设定行政许可。”
我国目前地方有关排污许可的法律文件主要有，一是地方立法机关制定的地方法规，如《广州市大气污染防治规定》（2004年）；一是地方人民政府发布的政府规章，如《上海市污染物排放许可证管理规定》（2000年）、《贵阳市大气污染物排放许可证管理暂行办法》、《广东省排放污染物许可证管理办法》（2001年），《四川省污染物申报登记和排放许可管理办法》（2001年）等。省、自治区、直辖市人民政府规章只能设定临时行政许可，期限一年。地方立法和政府规章对上位法已设立的行政许可做出具体规定的，不得增设许可及行政许可条件。但是部分地方政府规章，如《广东省排放污染物许可证管理办法》设定的排污许可范围大大超过国家立法的范围，属于需要清理的法律文件之列。诸如此类现象不少。使得一些地方实施的排污许可证底气不足。
