2001年12月国家环保总局在全国人大通过的“十五”计划的基础上颁布了《
国家环境保护“十五”计划》。该计划提出了对二氧化硫等主要污染物排放总量的控制指标和工业污染防治指标。2006年8月国务院批准了《“十一五”期间全国主要污染物排放总量控制计划》，“十一五”期间国家对化学需氧量、二氧化硫两种主要污染物实行排放总量控制计划管理。要求各地方制订实施方案，落实工程措施和资金，严格实行排污许可证管理，加强执法监督，加大对各种违法排污行为的监督查处力度，确保总量控制目标的实现。
至此，总量控制计划得到更新和强化，具体的法律制度也得到了进一步的完善。从立法规定上看，规定更加细密、更具有可操作性，同时也拓宽了适用的地域和对象范围。同时，我国的总量控制制度呈现出由目标总量控制向容量总量控制过渡的趋势，这也是这一制度进一步深化发展的表现。但总的来说，我国的总量控制制度目前还存在诸多不足，如主要通过行政计划的方式分解指标进行总量控制，总量控制类型单一、水平不高、指标分配方式缺乏效率，总量指标的约束力不强，总量控制缺乏专门立法，与现有其他环境保护制度存在不协调等。
二、排污许可制度实施中的存在问题分析
排污许可证制度在我国的推行已有十几年的历史，其实施效果还未能说是理想的。
（一）制度的实施程度太低
尽管排污许可证并未要求适用于所有的排污者，其实施程度距离法律的要求仍然太低。在许多地方，排污许可证制度事实上处于“名存实亡”的境地，一是发证的数字与实际排污企业数差距太大。目前，在已经进行了污染物申报登记的企业中，只有30%左右获颁了排污许可证，[2]如果以排污企业为基数的话，比例还会低得多；很多地方根本没有真正落实过这项制度。有些城市还没有发过排污许可证，有的城市只是象征性地发过几十份排污许可证，而且没有延续性，许可证往往是一次性的，到期不再续发。
（二）制度缺乏确定性、稳定性、持续性和权威性
我国至今没有发布普遍适用于全国及所有排污单位的统一的排污许可立法。排污许可制度尚未制度化，往往根据国家的某个决定或政府的特定管理目标的需要来实施，排污者对此缺乏预见性，难以事先采取行动。由于目标的变化或计划的修改，指标也常常变化，而且排污指标的下达往往滞后，行政机关的发证工作常常衔接不上，企业的许可证到期但新指标又不能及时下达的情况时有发生，然而企业的生产不可能停顿，排污得持续。许可证往往缺乏延续性，稳定性，因而其权威性也受到很大的影响。执法机构对许可证的实施情况缺乏经常有效的监督，无证排污和超证排污的现象未能及时纠正，对违法行为不予处罚，或处罚太轻，排污许可证对许可证持有者的约束力不强，这进一步削弱了许可证的权威性。
（三）制度的实施发生变异
许可是一种审批行为，它会产生批准或不批准两种结果，但是目前排污许可证的发放几乎不存在不批准，不是对排污行为的审批及排污指标的合理分配，排污者申报多少排污量，环保部门就认可多少排放量。所以它是跟在排污者后面进行的一种排污的事后认可。[3]此外，许可证的发放未能与总量控制制度相结合，排污指标未能与环境容量挂钩，与政府确立许可证制度的初衷相违背。
（四）许可的程序存在严重的缺陷
首先，是发证的公开性不够。环境行政主管机关未公开各企业的排污情况和排污许可证的发放情况，申请人不了解排污的具体核定标准和核定方法，不了解排污指标分配的依据，难以避免“暗箱操作”和显示公平的情况发生。对于不予受理申请和不予发放许可证的情形，申请人得不到来自环境行政主管机关的解释。社会公众不了解排污者和排污的相关信息。对于发证对自己的影响难以判断。
