总之，作为环境保护基本法的《
环境保护法》对自然资源保护的规定不够充分，加剧了资源的无偿占用、掠夺性开发和浪费严重的现象，以致全国环境形势依然严峻，相当多的地区环境污染和生态破坏状况仍然没有得到改变，有的甚至还在加剧。更有必要指出的是，也正是因为该法对自然资源保护规定的不充分，使人们衍生出环境保护仅限于污染防治的模糊认识。因此，修改《
环境保护法》，增加自然资源保护的内容，已刻不容缓。
（三）部分基本制度需要修改
如前所述，《
环境保护法》是计划经济体制的产物，在当前实施两个根本性转变和可持续发展战略的形势下，有些制度已经暴露出不能完全适应形势需要的严重缺陷。例如：
1、“三同时”制度
“三同时”制度是我国环境管理的基本制度之一，是我国所独创的一项环境法律制度，也是控制新污染源产生，实现预防为主原则的一项重要措施。“三同时”制度的适用范围非常广泛，“三同时”制度对我国的环境保护起着不可磨灭的功勋，但是对我国的经济发展也有一定的不经济的影响。由于该制度要求环保设施必须与主体过程同时投入，导致一些企业因资金短缺无法投资设施建设而破产，或者企业的环保设施无法得到充分的利用而积压资本。
2、限期治理制度
《
环境保护法》关于限期治理决定权的规定欠妥。该法第29条第2 款规定：“中央或者省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，由省、自治区、直辖市人民政府决定。市、县或者市、县以下人民政府管辖的企事业单位的限期治理，由市、县人民政府决定。”这种以企业的隶属关系和级别作为确定决定权依据的管理形式，显然带有很浓烈的计划经济体制的色彩，往往给环境保护带来不利影响。首先，限期治理由政府决定的做法，不利于该制度的全面实施。政府并不能经常监督、监测污染源，而且在实际操作中，政府往往偏重于企业的经济效益，而非环境效益。从而使那些严重污染环境的企业难以得到及时地治理而危害社会。其次，限期治理不分项目大小，都由同级政府决定，影响及时治理污染，也不一定完全必要。最后，限期治理分级管理的办法，易造成污染治理上的条块分割，也不利于流域性、区域性及行业性污染源治理的统筹管理和安排，更不利于实现政府对其辖区环境质量负责。而相比而言，由环保部门行使限期治理决定权较为合理。因为环保部门是开展环保工作的专业部门，依法行使对环保工作的监督管理权。
