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于是台湾政府加紧有关土壤污染防治的研究与立法，1991年土壤污染防治立法正式列入政府的工作日程。
台湾环保署于1991年4月完成《土壤污染防治法（草案）》，并于同年7月经行政院核定后送清立法院审议，但是其间发生的镉米事件等致使本草案无法应对土壤污染事件中的相关责任、经费筹措与土地管制、利用等问题，于是1996年立法院撤销了本草案。
到了1998年8月又制定的《土壤污染防治法（草案）》送行政院经过九次审议后，在1999年6月以《土壤污染整治法（草案）》送请立法院审议，本草案期望建立土壤污染处理机制，以便顺利开展土地及部分地下水的污染政治工作，并希望利用该法的规范，是污染者对环境保护的预防与管制的重要性更加关注，积极减少或控制污染源。
在这期间有学者认为有必要将相关的土壤及地下水污染同时加以考量整治，因此多位学者和立法委员联合提案拟定了《土壤及地下水污染整治法》（草案），在立法院委员会讨论时共有环保署版本、沈富雄等44人的提案及柯建明等43人的提案等三个版本以并案审查的方式进行讨论。经立法院联席会议与1999年11月及12月的两次审查，确定将地下水污染全盘纳入考量，并将法案更名为《土壤及地下水污染整治法》，最后经立法院朝野党团协商会取得共识于2000年1月13日完成三度立法成立，并于2月2日公布实施。
二、主要配套法规及其内容
围绕《土壤及地下水污染整治法》还制定了一系列的配套法规，如《土壤及地下水污染整治法实施细则》、土壤及地下水污染的“监测基准”与“管制标准”、《污染整治费收费办法》、《征收种类与费率》、《基金管理委员会组织章程》、《基金收支保管及运用办法》等共十八项法案，这些法规与整治法相结合形成了台湾地区比较完备的土壤污染防治体系，本节主要介绍一下几个比较重要的法案：
2002年10月17日颁布的《土壤及地下水污染整治法实施细则》作为《土壤及地下水污染整治法》的补充性法规对整治法中的相关概念、制度、措施进一步做细化的规定。包括各个主管机关及其职责，污染整治必要措施的内容，进行污染检测工作的程序与记录污染的项目，土壤污染评估的内容，划定污染场址提出整治计划的具体步骤与相关细节，各种公文（评估报告、整治计划、公告等）的写作要求等一系列的问题。
为了配合土壤污染防治中的重要制度——土壤及地下水污染整治基金制度，行政院环境保护署制定了《污染整治费收费办法》、《征收种类与费率》、《基金管理委员会组织章程》、《基金收支保管及运用办法》等法规，对基金的主要业务、基金来源、基金用途及主管机关做出了明确规定。根据这些法规基金主要业务是调查污染场址的土壤、地下水污染的范围，评估其对环境的影响、评定等级、推动整治计划等；基金来源包括整治费用的收入、污染行为人或土地关系人缴纳的税款、基金孳息、中央主管机关的预算等八项；基金主要用于审核整治场址、评定等级、核实整治计划、应变必要措施等方面的花费；基金的主管机关是行政院环境保护署。
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