其次，在规制目标的设定上，《土壤污染对策法》将城市用地土壤污染规制的目标限于健康被害及其担心健康被害的情况，而将防止生活环境的被害排除在外。主要理由是认为对于涉及健康影响的风险必须采取措施迅速加以管理，而对于生活环境影响的风险则具有不确定性，需要科学知识的进一步积累，因此没有做出规定。[7]然而，这种规制目的的局限势必影响到具体环境措施的适用。例如，按照不损害健康的要求，所谓除去土壤污染意味着只要割断土壤污染，防止其损害人的健康即可，不一定要寻求对污染的净化。再如，都道府县知事对土壤污染可能会损害人的健康的土地可以提起调查，这就意味着只要不担心会损害人的健康，即使存在着土壤污染的情况，也无需调查，从而使得土壤污染防止法的作用受到限制。
　　
　　第三，对于土壤污染的预防缺乏一般性规定。土壤污染具有不同于大气污染、水污染等其他典型环境污染的特点。土壤污染大多数情况下是由工厂企业等向大气排放的污染物以及排放的污水中所含有害物质在土壤中长期积累所致，换句话说，土壤污染一定程度上可以看作是是大气污染、水污染的结果。因此，严格意义上讲并不存在防止土壤污染的固有手法。土壤污染的预防很多情况下需要依靠对大气污染、水污染的规制以及对农药使用的管制等间接规制措施来实现。或许正因为如此，日本的土壤污染规制法以对土壤污染的治理为核心，但对具有预防土壤污染功能的间接性方法缺乏一般性规定，预防原则在法律中没有得到很好的体现。
　　
　　第四，关于公众参与。土壤污染的规制固然是以行政权为主导进行的，但是需要建立在公众广泛支持、参与和监督的基础之上，公众参与作为环境规制的基本原则得到各国的普遍接受。就土壤污染的规制而言，除了通过土壤污染信息公开制度为公众监督创造条件外，更需要通过具体程序的完善为公众参与提供制度上的保障。尽管日本土壤污染规制法已经做出了一些规定，但还存在诸多需要完善之处。例如，根据《土壤污染对策法》关于污染调查的规定，对于因担心土壤污染可能会损害人的健康的土地而提起的污染调查，法律将决定权赋予都道府县知事，由都道府县知事决定是否进行调查，但没有同时规定居民有申请进行土壤污染调查的权利。由于邻近的居民对于土地是否受到污染更了解情况，赋予居民土壤污染调查的申请权会更有利于及时发现土壤污染问题。因此，有必要在法律上确认居民的调查申请权，都道府县知事如果拒绝居民的申请，则需将拒绝的理由予以公开。[8]

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