然而，与外部环境的积极变化相对的是，大学内部因历史和现实的原因，存在机制和体制上的一定“惰性”，这种“惰性”产生的阻力使得大学在整体上缺乏改革的动力，不能适应社会和市场的快速变化以及科技的迅猛发展的趋势。
内部阻力最直观的表现就是大学的“行政化”[22]“行政化”一方面便于教育行政部门对大学的微现管理，另一方面也是造成大学自治惰性的主要原因。为克服这一内部阻力，就需要大学内部管理体制的改革。改革的核心则是加强院系一级的自主能力，通过教授会、学术委员会等学术团体能力的发押，将学校管理的重心下移，从而实现“行政化”向“学术化”的转变。
（四）法律的衡平：大学章程法律位阶的提升
大学自治的实现，有赖于大学章程对自治的规定。而章程是否具有法律效力，则是大学自治能否得到法律保护的根本。
中世纪大学的章程，通常以国王特许状的形式出现，其法律效力毋庸置疑。欧美国家的大学章程，都具地方立法的形式。如耶鲁大学章程是康涅狄克州法律的组成部分；[23]哈佛大学章程则是由当时马赛诸塞州的总督Thomas Dudley以法令形式签署。[24]这些章程中将大学权利与义备逐条明确，法律的效力使得大学和政府都必须予以尊重和服从，大学与政府间的关系也因此而被界定。对章程的违反，即是对法律的违反，这也是百年来两所大学的自治得以完好保持的重要原因。
过年来，我国大学依据《教育法》和《高等教育法》规定，纷纷开始制定自己的章程。然而其法律效力如何？大学章程是属于法律、法规或规章？或是哪一类都不是？
《教育法》第26条第1款规定，有组织机构和章程是学校设立的四项基本条件之一。《高等教育法》第27条规定，申请设立高等学校的，应当向审批机关提交包括章程在内的四项基本材料。可见，我国的大学章程一则是设立的必备条件，二则是需要由教育行政部门核准的。那么，核准可以赋予大学章程怎样的效力呢？就行政法理而言，由行政机关批准的相关规定其效力必然是低于行政机关自行制定的规定的。现实中也是如此，大学章程除了作为大学内部运行的规则以外，没有丝毫对外的法律效力。换言之，倘若行政部门干涉了章程中规定由大学行使的权力，章程无法被大学作为法律上的依据来抵御行政部「一的干涉。[25]
大学自治需要法律予以保障。其实，要界定政府与大学间的关系，并非只有直接描述政府与大学难管难或者难不管难，更加有效的方法是将大学独有的权利规定在章程中，也就意味着这些权利不再属于政府的职能范围，这样两者间的关系实际上就界定清楚了。
这其实与《高等教育法》的立法初衷不谋而合。《高等教育法》第28条规定了大学章程的主要内容，从条文看，不但要求在章程中规定学校的内部治理结构（第28条第6、7项），而且还要求在章程中明确大学与政府之间的权利和义务（第28条第8项）。既然要明确政府与大学之间的权利和义务，则章程必然应该具有法律层级的效力，否则就无法对政府与大学之间的权利义务加以规定。可见，大学章程是确立大学与政府之间关系的重要的法律文本。
