其二，土地所有权变动中产生的问题。土地按其权属可分为国家所有和集体所有。依照《
自然保护区条例》的有关规定，在新建和扩建自然保护区或者划定的核心区和缓冲区，可以征用集体所有土地。这就会涉及到土地所有权变动的问题，而所有权的变动往往会对弱势群体产生巨大的利益威胁。征用地的补偿范围、补偿额度以及失去土地人的后续保障问题则成为了矛盾能否冲突解决的关键。在利益的权衡中，个人利益和集体利益也是当被重视和保护的。
（五）法律法规体系存在的问题
目前，中国的自然保护区管理的法律法规体系是围绕以《自然保护区管理条例》这一国务院令为中心而制定的一系列自然保护区的实施条例和管理办法，以及《
森林法》、《
草原法》等单项法律为系统的有机联系的统一整体。 其中大部分的法律是在计划经济向市场经济转轨的特定历史时期为特定目的而制定的，这一时期的法律有一个最主要的共同点：强调行政权威，重视行政命令，忽视市场经济规律。在当前市场经济日益成熟、民权日益膨胀的时期，计划经济下的行政命令对保护区的过度干预似乎并不能适应自然保护区的管理要求。因此，在以政府有计划的干预的基础上，适当地将市场经济理念和机制引入保护区建设和管理中成为了保护区管理改革的一个重要课题。
同时，现行法律和法规所存在的不符合生态和自然规律的部分，诸如自然保护区内外来物种引进和培育问题、野生动物驯化问题以及过于强调植树造林问题也应当受到法律的关注。那么，既有法律法规体系的修正和法律的修订也成为了当务之急。
三、自然保护区困境的对策建议
解焱认为,“造成这些问题的最根本原因是目前中国还缺乏一个有关保护地的合理的、清晰地和灵活的法律框架。缺乏协调管理和统一监督的机制。经费筹措、分配和管理机制不合理，缺乏一个与和相应的管理目标、方法和经费体系结合在一起整个保护地的分类体系。”10并在此基础上提出了三点建议，笔者拟结合“三点建议”就我国自然保护区困境的对策提出若干建议。
（一）完善法律法规体系，建立符合管理目标的保护地的分类体系
