王灿发认为，当前管理体制上的问题有两个：⑴综合管理与分工负责的关系没有明确规定，综合管理部门与分工负责部门之间应当如何协调和配合也没有规定，结果造成了分工负责与综合管理的脱节，甚至综合管理部门连分工负责部门的管理信息都很难得到；⑵自然保护区管理机构性质定位。8
（三） 保护区的经费机制障碍
当前，自然保护区经费机制主要存在三个方面的问题：
一是经费来源渠道不畅造成的经费不足。自然保护区的资金主要来自于包括政府财政拨款、社会捐助、国际的不定期经费和投资、旅游业收入以及出租经营许可证等其他创收收入。其中，政府财政拨款是保护区建设和管理的常规、主要的资金来源，资金总量本身严重不足，而其他形式的收入和投资极其有限。资金投入的不足，一方面制约了管理手段的更新，严重地制约了管理效率的提高和保护工作的开展。另一方面，保护区工作人员的工资水平较低，严重的影响了保护工作的顺利开展和人员事业上的进取心和积极性，甚至使部分工作人员产生了“靠山吃山，靠水吃水”的错误思想，所导致的消极管理以及监守自盗现象屡屡出现。
二是经费使用的安排不合理。经费安排不合理是经费机制的另一障碍。目前，我国的自然保护区通过有限渠道获得的有限的资金，其中大部分消耗在过度的基础设施建设支出上，而非日常的保护监测、执法和巡护的工作。
三是经费使用缺乏有效监管。监管机制的缺失，在我国是一个比较普遍的现象和改革的难题。在自然保护区领域，经费的管理缺乏各级监督，经费管理严重不善，挪用、侵占经费时有发生。
（四）关于土地权属的问题
在我国，土地利用方式的转变业已成为影响生物多样性保护的主要因素，与土地权属有关的冲突是自然保护区与周边社区冲突的最主要原因。9这种冲突主要来自于两方面原因： 其一，自然保护区内集体土地使用权的限制。根据我国现行的《
自然保护区条例》的相关规定，我国的自然保护区可以分为核心区、缓冲区和实验区。核心区除依照该条例第27条的规定经批准从事科学研究活动外，禁止任何单位和个人进入。同时，规定了缓冲区内只准进入从事科学研究观测活动。实际上，管理机构对很多保护区的核心区和缓冲区并不享有土地使用权，却按照该条例对保护区实行严格的管理。土地使用权的限制，对当地的经济发展在某种程度上产生了抑制的作用，严重的影响了当地居民的生存和发展机会，社区冲突不可避免。
