（一）协商
能源和环境保护行政合同纠纷通过协商的方式解决，是各国普遍采取的做法。英国政府合同引起的纠纷实践运作中很少诉诸法院，通常由政府和相对人通过非正式谈判或者仲裁解决。彼得·坎恩（Peter Cane）分析这种现象成因的结论是，政府与相对人间多为互利长期合作关系，而非一次性商业交易，如果诉诸法院常被视为不适当且易产生副效应。[17]协商解决行政合同纠纷具有迅速、成本低廉的特点，因而被广泛采用。但在实践中，行政机关与相对人往往采取先由相对人低价中标，然后再通过行政机关与相对人签订补充协议的方式规避相关法律规定，从而达到将合同由特定相对人完成的目的。这种补充协议由于并没有受到监督，常常有不正当的交易。或者在协商解决纠纷的过程中，行政机关的工作人员作出不适当的让步，损害公共利益，以谋取不正当利益。因此，这种协商解决纠纷的过程应当从制度上加以规范。
（二）行政复议
对于行政复议能否成为解决行政合同纠纷的方式，学者们有不同的看法。持肯定观点的学者认为，通过行政复议解决行政合同纠纷符合行政合同纠纷的特点。行政合同虽然不同于单方行为，但它属行政行为的一种，具有行政行为的某些特征，例如，其公共目的性就是两者的共同特征。为了保证这一目的的实现，纠纷产生后的第一次判断权应属行政机关本身。行政机关在合同中第一次行使判断权实际上就是那些单方特权的运用。由于这些特权的存在，相对人违约随时可能受到行政机关的制裁，提出请求的申请人通常只是相对人，因此，它作为行政行为的一种，有通过行政补救制度加以解决的可能性和现实性。[18]反对者的观点认为，具体行政行为与双方行政行为（行政合同）在发生法律效力上是根本不同的，前者是建立在双方处于一种命令与服从关系的基础之上，行为的法律效力的发生以行政机关单方意思表示为已足，具有“单方性”；而后者必须双方合意，也就是任何一方的意思表示对于法律效力的产生都具有“同值性”。但该学者也认为在修改
行政复议法的基础上，可以通过行政复议来解决行政合同纠纷。
笔者认为，即使修改
行政复议法，行政复议也不能解决所有行政合同纠纷，应根据纠纷的性质区别对待，这是由行政复议制度的功能和行政合同的性质决定的。行政复议不仅有解决行政争议的功能，还有监督行政主体的功能，其解决的争议是行政争议，不应包括民事纠纷。如果允许其对行政合同做出判断，等于扩大了行政复议机关的职权。另一方面，行政合同纠纷往往比较复杂，实践上行政复议机关也不具有解决这种纠纷的能力。因此，笔者认为，对于行政机关行使法定（行政程序法及单行法规定的）特权引发的争议，可以提起行政复议；因经双方合意达成条款而引发的争议，不能提起行政复议；争议如果同时涉及以上两个方面，则应直接提起行政诉讼。
