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（二）解决方式的完善
1.自行解决方式的完善
借鉴美国的“以替代方式解决纠纷”的方法，完善我国的资源纠纷自行解决方式。[11]重视调解在资源纠纷解决中的作用，改变立法长期以来比较重视行政调解的现象，逐渐弱化行政调解对资源民事纠纷的处理，充分发挥基层调解组织、民间调解组织的作用。一是重视基层调解组织，尤其是农村基层调解组织的建设；二是成立专业调解事务所，完善第三方调解；三是加强调解、仲裁程序立法，针对不同的资源纠纷，对调解、仲裁程序作出明确规定。再者，应重视仲裁在资源纠纷解决中的运用。随着资源纠纷数量的增加，专业技术性越来越强，建立资源纠纷的仲裁制度十分必要。通过修订各单行自然资源法或者专门立法，将仲裁作为与民事诉讼并列的纠纷解决方式供当事人选择，以发挥仲裁快捷、公正处理资源纠纷的优势。同时尽快建立和完善基层仲裁工作机构，并制定配套的规章制度。
２．行政解决方式的完善
行政解决方式是我国解决资源纠纷的主要方式。长期以来，我国行政机关解决资源民事纠纷实行“行政处理在先”原则。但从国际上解决民事纠纷机制发展的总体趋势看，行政权力原则上不介入当事人之间私法上的权利义务之争。在一些司法至上的国家，基于私法自治和分权制衡原理，不仅民事纠纷均由司法机关或仲裁机关处理，而且一些行政纠纷也通过司法机关处理，更谈不上由行政机关处理民事纠纷了。[12]可见，我国行政机关解决资源民事纠纷的问题有必要作完善。
（1）缩小行政机关解决资源民事纠纷的范围。我国行政机关解决资源民事纠纷的范围包括资源权属纠纷、普通侵权纠纷和特殊侵权纠纷。资源权属纠纷由行政机关解决有一定的合理性，自然资源属于国家所有，对资源进行权属管理是行政机关的法定职责，行政机关处理资源权属纠纷是实施其职能的表现。另外，权属纠纷涉及对权属客体范围的确定，由行政机关处理权属纠纷具有技术上的优势。因此，资源权属纠纷应继续实行行政处理在先的解决原则；而普通侵权纠纷是一般民事纠纷，符合民事纠纷的基本特点，这类纠纷不宜继续由行政机关处理，应依据私法自治的原则由司法机关处理；特殊侵权纠纷，不同于普通侵权纠纷，与污染防治、生态保护、以及不特定多数人的利益密切相关。环境保护机关作为污染防治、生态保护的管理机关，处理因污染、破坏造成的纠纷是其法定职责。因此，这类纠纷也应继续纳入行政机关的处理范围。可见，资源纠纷的处理机制与资源纠纷本身的性质密切相关。资源权属纠纷、资源特殊侵权纠纷的性质与行政机关的行政活动相关联，这类纠纷就适合由有关行政机关处理；资源普通侵权纠纷的性质与一般侵权纠纷并无两样，基于市民社会与政府分立的事实，原则上不应再由行政机关处理。
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