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第三，司法解决方式在审理不服行政处理决定的资源权属纠纷、特殊侵权纠纷、行政调解不成功的普通侵权纠纷时，司法机关没能对行政机关的行政行为给予足够的关注，增加了纠纷的解决成本。而且，现行资源纠纷解决机制的制度设计不尽完善，没有考虑到非诉讼解决机制与诉讼解决机制的衔接。司法机关在审理特殊侵权纠纷案件时，没有实行与实体法上的特殊法律规范相适应的程序法律规范，如因果关系推定，诉讼主体扩大等，也有待进一步的完善。
三、自然资源纠纷解决机制的完善思考
（一）立法完善
我国资源纠纷解决机制的完善可以采取专门立法形式。专门立法有两种选择途径：一是制订专门的资源纠纷解决法，其优点是体系完整、内容全面、法律效力层次高、权威性强；缺点是立法成本高、时间长。二是在制定自然资源基本法时设立专门的纠纷解决程序篇，其优点是立法成本低、时间短，可以与实体篇共同构成完整的自然资源基本法；缺点是在立法体系、内容、法律效力层次和权威性上不如专门法理想。无论采取哪一种方式，都是对资源纠纷解决机制的发展和完善。
同时，在进行专门立法时，应协调好几方面的关系：（1）专门法与单行法之间的协调。专门立法并不意味着用专门法替代单行法，单行法仍然是各资源行政机关解决纠纷的法律依据，但单行法要根据专门法的立法内容作出相应的调整，为专门法内容的完善作补充。（2）效率与公平的关系。效率与公平不是绝对的，并非所有的纠纷处理都要求效率，也并非所有的纠纷处理都要求公平。对于民事纠纷的处理，效率可能比公平更重要，在进行解决机制设计时可以将非诉讼解决纠纷手段作为重点，减少动用司法手段解决纠纷的机会；对于行政纠纷的处理，应坚持公平优先、兼顾效率的原则，将行政解决手段置于司法解决之前，尽可能发挥行政手段纠纷处理成本低、处理程序规范的特点，提高行政纠纷处理效率。（3）权属纠纷与侵权纠纷的关系。权属纠纷与侵权纠纷的解决方式不一样，两者虽然都属于民事纠纷，但权属纠纷的解决涉及更多的政策性和专业性，这类纠纷由实施资源管理职能的行政机关处理比较合适，在解决机制的设计上实行“行政处理在先”原则；普通侵权纠纷则是非常典型的民事纠纷，权属明确、侵害事实清楚、侵害人与被侵害人之间地位平等，只需要解决责任的认定与损害赔偿的承担等，这类纠纷由行政机关处理不符合民事纠纷的处理原则，应由司法程序解决；对于特殊侵权纠纷，由于有着不同于普通侵权纠纷的特点，可以由环境保护机关对纠纷先行处理，开展现场勘验、原因调查、后果分析等一系列工作，这样不仅有助于纠纷的尽快解决，还能为以后的民事诉讼提供可信的专业证据。因此，在专门立法时要注意把握权属纠纷与侵权纠纷的关系，分别不同类型进行纠纷解决机制设计。
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