其三，实体法内容不全面。现行单项自然资源法对资源纠纷处理的规定，仅针对自然资源所有权、使用权纠纷而设计（水事纠纷除外）。所有权、使用权纠纷包括权属纠纷和侵权纠纷，属于民事纠纷范畴，应该由司法程序解决。就权属纠纷而言，权属的取得需要国家授权或者许可，权属客体的确定需要专业知识，国家考虑到权属纠纷的特殊性，将行政处理置于司法解决之前，实现公权力对私权的有效干预是应该的。不过，国家在考虑权属纠纷的特殊性时却忽视了侵权纠纷的一般性，将侵权纠纷的解决纳入行政处理范围内，这就违背了政府国家与市民社会的对立原则。另外，单行自然资源法没有对资源特殊侵权纠纷的解决作规定，即使是2002年10月新修订的
水法用专门一章规定了水事纠纷的解决程序，也没有对水污染、水破坏纠纷的处理程序作规定。资源特殊侵权纠纷属于环境侵权纠纷范畴，在国家未对环境侵权纠纷的解决作出专门规定以前，从资源纠纷解决的完整性出发，也应考虑资源特殊侵权纠纷的程序性设计。
另外，我国资源纠纷解决机制存在的问题还呈现出如下特点：
第一，自行解决方式存在“重调解轻仲裁”现象。我国资源纠纷解决机制涉及的调解包括人民调解、行政调解和司法调解，除司法调解外，调解书不具有强制执行力。而仲裁既具备不伤和气、经济、便捷等调解的优势，仲裁决定书又具备与法院判决书一样的强制执行力。仲裁在处理资源纠纷方面的独特优势，已经为国际上非诉讼纠纷解决机制发展的实践所证实。我国正逐步认识到仲裁在解决资源纠纷中的独特优势，在农村土地承包经营法中，就对土地承包经营中出现的纠纷规定了由农村土地仲裁机构进行仲裁的纠纷解决方式。但是，由于机构建设、人员素质以及缺乏相关配套法规等诸多原因，通过仲裁解决土地承包纠纷的效果还不明显。并且，我国1994年8月通过的《
仲裁法》第
二条将仲裁范围确定为：平等主体的公民法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷。因此，资源特殊侵权纠纷是否属于《
仲裁法》的适用范围，也是一个值得商榷的问题。
第二，行政解决方式存在“重行政轻效率”现象。我国各个自然资源法对权属纠纷的处理均非常注重行政程序，每一类自然资源权属纠纷的处理都要求经历行政调解程序，而法院诉讼则享有最终裁判权（调解成功的除外）。问题在于国家并没有赋予行政主管机关对资源权属的最终决定权，无论是行政处理决定还是行政复议决定，纠纷当事人都可以向法院申请撤销。行政机关在经历了行政调解、行政处理决定、行政复议后，仍然不能最终解决纠纷，不能不说是行政资源的浪费。同时，法院被赋予解决资源纠纷的最终决定权，给有限的司法资源增加了负担。事实上，在我国现行资源权属纠纷解决制度中，行政机关在一定程度上只是为司法机关提供专业证据资料，至于证据能否采用，采用多少，皆由法院决定。这样的制度设计显然不利于资源纠纷解决效率的提高。
