3.司法解决方式。即是通过诉讼程序解决资源纠纷。我国解决资源纠纷的诉讼方式主要有两种：一是民事诉讼，二是行政诉讼。当然，对因污染、破坏资源构成犯罪的当事人追究刑事责任适用的刑事诉讼，也是司法解决资源纠纷的一种形式。
（1）民事诉讼。对于资源污染破坏、资源承包经营等资源民事侵权纠纷，都可以采用民事诉讼程序解决。按照我国《
民事诉讼法》规定，资源纠纷当事人在案件审理过程中，可以向法院申请调解，法院调解书具有法律效力。法院调解有利于快速、简便、经济地解决资源纠纷，有利于维护双方当事人的友好关系，是一种比较可行的资源纠纷解决方式。
（2）行政诉讼。行政诉讼解决资源纠纷适用《
行政诉讼法》的有关规定。可以提起行政诉讼的主体包括资源权属纠纷当事人、作出行政处理决定的行政管理机关和作出行政处罚行为的行政管理机关。行政复议不是行政诉讼的前置程序，对行政机关行政处理决定不服的资源权属纠纷当事人既可以提起行政诉讼，也可以申请行政复议。
（二）我国自然资源纠纷解决机制的缺陷分析
我国对于资源纠纷的解决没有制定专门的法律，各类资源纠纷的解决方式和程序散见于自然资源保护单行法和《
民事诉讼法》、《
行政诉讼法》、《
行政复议法》、《
刑法》等相关法律之中。虽然现有的纠纷解决机制基本上覆盖了可能出现的各种资源纠纷。但是，仍存在一些问题，表现在：
第一，立法不统一。我国资源纠纷解决机制分别规定在各个单项自然资源法中，由于单项自然资源法是各个资源行政主管部门受国家委托制订的，表现出比较明显的部门特征，各种资源纠纷解决机制也就各不相同。如权属纠纷解决机制中，六种资源就有四种方式：水事纠纷是“协商—民事诉讼”制；矿产纠纷是“行政处理—行政诉讼”制；林权纠纷是“行政处理—民事诉讼”制；土地、草原、渔业纠纷是“协商－行政处理－民事诉讼”制。其实，这样复杂的纠纷解决机制，要实现的目的只有一个，即明确产权，完全可以对权属纠纷解决机制作统一规定。
其二，程序立法缺失。单行自然资源法是实体法而不是程序法，对资源纠纷处理程序的规定比较原则，缺乏可操作性，不同纠纷处理规定之间也缺乏逻辑性、连贯性和统一性。当一种资源权属纠纷同另一种资源权属纠纷交叉时，往往会因权属纠纷处理部门不同、处理方式不同等因素影响纠纷的解决。随着一些新型资源纠纷的出现，国家出台了相应的法律来规范新型纠纷的解决程序。这类法律仍然是以实体法的形式出现，不能很好地解决资源纠纷的程序问题。比如针对农村土地、林地、草地承包经营纠纷，国家出台了承包经营法，然而承包经营法的出台并没有减少这类纠纷已为实践所证实。[10]因此，确实需要资源纠纷解决机制的程序立法，规范解决程序，提高解决效率。
