生态功能保护区的管理制度有别于我国现行的自然保护区体制。我国的自然保护区制度是封闭圈地管理的模式。按《
自然保护区条例》的要求，除实验区外，缓冲区、核心区均实施严格的禁止人为活动的管理。如果简单地移植自然保护区保护方式对西部地区生态功能区进行保护，从社会经济发展和生态保护双赢的目标追求看，既不现实，也无可能，更无必要。生态功能保护区的管理制度符合国际上生态系统服务价值保护的理念及其目标管理的模式。它的宗旨是针对主导生态功能进行保护，不必对其所在地的一切活动和开发都实行全面限制和禁止。
基于上述理念而开展的我国生态功能保护区体系是适合我国国情的一种有效的生态保护方式，也与IUCN（世界自然保护同盟）一直推行的保护地类别体系有共通之处。IUCN保护地类别体系（1994年）按照主导管理目标分为六个类别：I—严格自然保护区（用于科学研究和环境监测），Ib—原野保护地（用于保护自然荒野），II—国家公园（用于生态系统保护及娱乐活动），III—自然纪念物（用于保护独特的自然特性），IV—栖息地/物种管理地（用于积极干预进行保护），V—陆地/海洋景观保护地（用于陆地/海洋景观保护和娱乐），VI—资源保护地（以自然生态系统的可持续利用为目标的）。就对土地利用变化方式的影响来看，这些区域都是禁止进行采矿和能源开发的地区。而就人类活动对这些区域的生态环境的影响和干扰的关系来看，图1反映出不同类别保护区之间的关系。
IUCN保护地类别体系与我国生态功能保护区体系的关系，正如KISHORE RAO曾经评价的：中国的“生态功能保护区似乎试图在明确的景观层面或者生态区范围内进行保护性土地利用规划。因此，生态功能保护区与IUCN类别体系的类别V 更加类似，但是，部分区域可以划归为其他类别，更大范围的区域也可以包括其他几个保护地类型。从中国的视角看，不仅保护生物多样性十分重要，维护生态功能和生态系统服务也非常重要。因此，进一步发展和使用EFCA方法（指《生态功能区划暂行规程》——作者注）与当前的工作（指IUCN保护地类别体系在中国的应用工作——作者注）是息息相关的。”[19]
四、生态功能区划上升为法律制度的努力
生态功能区划和重要生态功能保护区识别的管理目标是为合理地开展土地利用格局和可持续地开发利用自然资源提供管理工具，并借助这一管理工具规范决策者、资源开发利用者的活动。为此，同时也为了更加明确生态功能区划和重要生态功能保护区的管理地位，国务院有关部门展开了将这一管理工具上升为法律制度的努力。其主要在两个方向上推进。
第一个法律制度化的努力是，以生态功能区划为核心管理依据和手段，由国务院制定并颁布对西部大开发活动加强生态环境保护和建设监督的条例。这一立法建议最先为国务院西部开发办公室和国家环境保护总局于2003年10月向国务院联合提出[20]，于2004年初被国务院法制办公室接受，并将立法工作纳入“国务院2004年立法工作计划”。2004年10月建议中的《西部开发生态环境保护与建设监督条例（草稿）》形成并提交过国务院法制办公室。该条例草稿所提出的制度，除了肯定生态功能区划和重要生态功能保护区是我国生态环境保护和建设的基本管理手段，并赋予法律地位以外，还提出了富有创新意义的配套制度：一是生态环境保护综合决策机制，包括依据生态功能区划制定西部开发政策、指导自然资源开发和产业布局；各类规划应当进行环境影响评价；自然资源开发利用建设项目“三同时”等内容。二是建立生态环境保护与建设责任制，要求地方各级人民政府对本行政区域内的生态环境与建设质量负责，其工作情况要接受同级人大、上级政府以及公众的监督。三是建立综合监测和预警制度。不仅环境保护行政主管部门要定期对生态环境状况进行监测、调查，各有关部门也要按照分工进行生态环境动态监测，并将监测数据报环保部门汇总分析；同时建立预警制度，加强生态环境恶化趋势的预测预报。四是建立生态补偿制度，主要在东部地区和西部地区之间建立相对发达的东部地区对欠发达的西部地区在生态服务方面的经济补偿或支付关系。国务院有关部门仍在研究和制定以生态功能区划为主要管理制度的行政法规，如《西部开发生态环境保护与建设监督条例》。但是最终能否通过这个条例，尚不容乐观。因为虽然“西部地区”已经是一个政治性或政策性明确的统一地域了，可是它还不是一个统一的行政管辖界区，目前尚没有为这类区域专门制定国务院条例的先例[21]。即便如此，仍然不排斥考虑到西部开发的需要和西部地区对全国的生态服务意义而开创立法的例外情况。
