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（二）生态功能区划方法
生态功能区划的方法表现为完成以下活动的过程，依次是生态环境现状评价、生态环境敏感性评价、生态服务功能重要性评价、生态功能分区方案和各生态功能区概述。
生态环境现状评价是进行生态功能区划最基础性的工作。现状评价是在区域生态环境调查的基础上，利用遥感数据、地理信息系统技术等先进的方法与技术手段，针对本区域的生态环境特点，分析区域生态环境特征与空间分异规律，评价主要生态环境问题的现状与趋势。评价领域涉及土壤侵蚀、沙漠化、盐渍化、石漠化、水资源和水环境、植被与森林资源、生物多样性、大气环境状况和酸雨问题、滩涂与海岸带、与生态环境保护有关的自然灾害（如泥石流、沙尘暴、洪水等）和其它环境问题（如土壤污染、河口污染、赤潮、农业面源污染和非工业点源污染等）。
生态环境敏感性评价和生态服务功能重要性是进行生态功能区划的客观判断指标。生态环境敏感性评价的目的是明确区域可能发生的主要生态环境问题类型与可能性大小和主要生态环境问题的形成机制，并对特定、多种生态环境问题的敏感性进行综合分析，明确区域生态环境敏感性的分布特征。生态环境敏感性评价的方面涉及土壤侵蚀敏感性、沙漠化敏感性、盐渍化敏感性、石漠化敏感性和酸雨敏感性。每一方面的敏感性评价一般分为5级，为极敏感、高度敏感、中度敏感、轻度敏感、不敏感。
生态服务功能重要性评价则，是为了明确识别区域各类生态系统的服务功能及其对区域可持续发展的作用与重要性而进行的重要性等级判定。生态系统的服务功能类型包括生物多样性保护、水源涵养和水文调蓄、土壤保持、沙漠化控制、营养物质保持和海岸带防护功能。生态服务功能重要性共分4级，分为极重要、中等重要、较重要、不重要。
生态功能分区是生态功能区划最重要的步骤，它是依据区域生态环境敏感性、生态服务功能重要性以及生态环境特征的相似性和差异性而进行的地理空间分区的过程。首先从宏观上以自然气候、地理特点划分自然生态区；再根据生态系统类型与生态系统服务功能类型划分生态亚区；最后根据生态服务功能重要性、生态环境敏感性与生态环境问题划分生态功能区。生态功能分区一般采用定性分区和定量分区相结合的方法进行分区划界。边界的确定应考虑利用山脉、河流等自然特征与行政边界。生态功能分区的成果必须用图件表示，采用计算机制图编制。基础图件应包括地形图、气候资源图、植被图、土壤图、土地利用现状图、行政区划图、人口分布图等。备选图件应包括自然区划图、气候区划、农业区划图等。成果图件应包括生态环境现状图、生态环境敏感性分布图、生态服务功能重要性分布图、生态功能区划图等。
生态功能分区概述是生态功能区划的总结，是区划工作的精华和成果体现。它包括对每个分区的如下区域特征进行描述：自然地理条件和气候特征，典型的生态系统类型；存在的或潜在的主要生态环境问题，引起生态环境问题的驱动力和原因；生态功能区的生态环境敏感性及可能发生的主要生态环境问题；生态功能区的生态服务功能类型和重要性；生态功能区的生态环境保护目标，生态环境建设与发展方向。
生态功能区划在西部地区的文本形式是《西部地区生态功能区划方案》，这是西部地区开展的生态功能区划的一个总结性文件。该方案首先对西部地区生态环境现状进行分析。简要结论为：西部地区自然资源和生物多样性丰富，西部地区生态环境屏障作用显著，生态战略地位极为重要；[11] 但是西部地区生态环境脆弱，生态破坏严重。[12] 其次，它对西部地区生态环境敏感性和生态服务功能重要性分别进行分析。再次，进行了西部地区生态功能分区。西部地区被分为30个生态区，104个生态亚区，686个生态功能区，其中生态功能区主要类型为水源涵养、生物多样性保护、水土保持、防风固沙和社会经济发展支撑生态功能区五类。每个生态功能区都有生态功能的说明、生态问题的分析和保护措施的建议。[13] 最后，识别了西部地区四种类型的重要生态功能区，共22个。其中，水源涵养重要生态功能区8个，生物多样性保护重要生态功能区7个，水土保持重要生态功能区3个， 和防沙固沙生态功能区4个。《方案》并针对 每一个重要生态功能保护区， 揭示了重要生态功能区的生态环境问题和潜在或存在的威胁，并提出了保护措施的建议。上述生态功能分区和生物多样性保护重要生态功能区都以图件成果表示。
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