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（二）12项管理原则
综合生态管理的12项管理原则包括：
原则1，确定土地、水及其他生命资源的管理目标是一种社会的选择。不同社会部门对生态系统的看法视其自身对经济，文化和社会的利益需要而不同。原住居民和当地社区是非常重要的利益相关者，他们的权利和利益必须得到认可。文化多样性和生物多样性同样是生态综合管理中的核心要素，共同纳入管理的范畴。对生态系统的管理应在公平合理的基础上进行。
原则2，管理必须下放到最低的适当层级。非集权的体制可能带来较高的效率、较好的效果和较多的公平。管理必须涉及所有的利益相关者，衡平当地利益与更广泛的公共利益。管理行为越靠近生态系统，越会涉及责任问题、所有权问题、责任可诉性问题以及对地方知识运用的问题。
原则3，生态系统管理者必须考虑管理的活动给衔接的其他生态系统所带来的影响（现实的或潜在的影响）。对生态系统的管理干预通常对其它的生态系统造成未知的或不可预测的影响，因此应当对可能产生的影响进行细致的考查、分析，适当的时候应当重新进行制度选择，决策过程中各利益主体在必要时应互相让步。
原则4，为了掌握管理活动具有的潜在收益，应当从经济学角度理解和管理生态系统。任何生态系统管理活动必须：（1）减少对生物多样性造成不良影响的市场扭曲作用，（2）通过激励机制加强生物多样性保护和可持续利用，（3）将特定的生态系统的成本和惠益在可行范围内内部化。生物多样性保护的最大威胁是被土地利用系统所取代，而这种结构转变经常是由市场扭曲所导致的。市场扭曲不仅贬低了自然系统和人口因素的作用， 还通过不正当的刺激和补贴使得土地转化为多样性程度较低的系统；通常从生态系统保护中获益的人并不直接支付保护的成本，同样的，那些对环境造成污染和破坏的人却逃脱责任。因此必须纠正扭曲的市场，使其有利于保护活动。
原则5，为了保持生态服务功能， 保护生态系统结构和功能应成为一个优先的管理目标。 生态系统的功能及其弹性依赖于种群之间、种群和非生物环境之间、环境中的物理和化学转化之间的关系， 对于生物多样性的长期保护活动而言，对环境及转化过程的保护和适当恢复比对种群采取的简单保护更为重要。
原则6，必须在生态系统功能的极限内对其进行管理。
原则7，必须在恰当的时空范围内采取生态综合管理。
原则8，考虑到生态系统过程的差异性、变化性和结果滞后性，生态系统管理目标的设定必须体现长期性。生态系统过程具有时差性、长期性和结果滞后性，这与人类易于受短期和即时的惠益驱动，追求眼前利益、忽视长远利益的本性有着固有的冲突。
原则9，管理必须承认对生态系统的改变是不可避免的。管理应能适应生态系统变化包括物种组成和种群丰度。
原则10，生态系统方式须在生物多样性的整合、保护和利用之间寻求适当平衡。生物多样性不仅就其内在价值而言有重要意义，且为人类当代和后代的生存环境提供了物质保障和遗产资源。即使在因果关系存在科学不确定的情况下，应当采取谨慎态度和探索性措施。
原则11，生态系统方式须顾及一切形式的有关信息，包括科学的、原住民的、当地的知识、工艺和做法。各种来源的信息对于制定有效的生态系统管理策略都是十分关键的，都能增进人类对生态系统的认识。信息必须与所有利益相关者及参与者分享。
原则12，生态系统方式要求所有相关的社会部门和科学部门参与。
综合生态管理的原则不仅仅是理论，更是指导行为的指南。为了更方便地指导国家和区域的行政和立法行为，世界自然保护同盟生态系统管理委员会提出一种简化理解的方法，将十二项原则按照一定的同类相关性归纳为四类。[4] 第一类是关于区域和利益相关者的原则（原则1、12、7、11），要求对生物资源管理，首先应当选组选出区域和其对应的利益相关者。依赖资源程度最高的是首要利益相关者，程度较低的是第二和第三利益相关者，如政府官员和国际保护组织。利益相关者一旦确定，管理关系和责任也得以明确。第二类是关于生态系统的结构、功能，维护和管理的原则（原则5、6、10和2），要求生态系统管理目标的确定应是科学专家和当地居民合作决策的过程，借助联合绘图，地表勘察和监测练习等手段，提供信息并建立互信关系；采用生态系统嵌入区域管理以平衡保护和利用的关系，将“最低可能层次”的管理转化为个体农民、社区、地区，国家和国际主体的在不同合适层次的使用管理。第三类是关于收益问题（原则4），要求成本和惠益的公平分配因生态系统的地区而异，必须制定规则来协调不同居民对生态系统的经济需求的分歧。第四类是关于适应性管理的原则（原则3、7、8和10），介于一个地区改变管理对其邻近地区的影响是渐进、缓慢的，此类原则要求建立高质量的监测和良好的流通渠道以便将不断深化了的知识传达给决策者。[5]
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