另外一个明显的好处是，由于每个企业都分到固定的排污指标，他就会采取各种措施使得其排污量控制在所分摊的排污指标范围内，就可以将剩下的没有用完的指标通过市场机制而卖给或租赁给需要该指标的其他企业，或者将其用于抵消该企业其他部门的超标的排污量。由于每个企业因自身实力的不同，存在安装治理污染的设备与购买排污信用之间的差异，用于治理污染所必须支出的成本就会不一样，因而排污交易就会存在。那些面临经营困境的企业就会将自己的剩余排污指标转让其他企业，从而筹措到资金来挽救自己的命运。另外，由于因新建或扩建污染源，对排污指标需求增加，在已有其它企业等着要填补其空缺时，排污权交易为工厂的关闭给予了最大的鼓励。这给新技术的采用和优化产业结构创造了良好的条件。

　　然而，排污许可交易制度也存在局限性和自身不可避免的问题。首先，由于排污许可交易制度只是达到政府为其制定总体控制目标所采取的具体措施，因而该制度不能对政府制定的总体控制目标做出合理的评价，政策合理性仍欠缺有效评估和细致论证。其次，既然是许可，那就意味着只有部分企业能够分摊到排污指标，而另外一部分企业则无法分摊到排污份额。这里面也有一个信息障碍问题即必须事先知道应该给哪些企业许可，不该给哪些企业许可是恰当的，由此而耗费巨大的用于甄别的信息成本。再次，给部分企业以许可就意味着制造了许可交易的市场进入障碍，只有获得许可证的企业才能够进入该市场，导致对市场中的企业以区别对待，违反了公平原则。第四，许可证交易存在巨大的交易成本，致使机会主义者主动寻求规避法律的种种措施，从而加大了企业守法的总成本，使得许可证交易产生负面影响。最后，由于不确定因素的存在，许可证交易制度是否能更有效取决于边际收益函数和边际成本的斜度以及两函数之间的关系。

　　正如科斯定理所表明的那样，在现实世界中，只要有交易就会存在交易成本。市场并不是在真空中运行的，其本身价格机制的形成也要耗费相应的成本，即便是克服了产权不清的障碍后，该问题仍然会存在。由于产权的形式具有多样性和变动性，所以在经济活动中具体采取何种产权形式才是有效率的，并不是一个先验的命题，而是根据效率原则进行具体比较后才能知道。在1937年的论文《企业的性质》中，科斯论证了企业存在的理由在于，它能够行使行政命令进行内部决策从而节省了大量交易成本。但同时，也会因命令链的延长而增加企业的行政成本。因而企业的边界取决于市场交易成本与企业内部行政成本之间的比较。也就是说，企业并非总是最有效率的，否则其他组织形式的存在原因不能给出很好的解释。