但是，我国的环评早先都是由环保行政机构所属的评价机构来进行的，机构编制、人员安排、工作项目、经济效益均由环保行政机构决定。即使现在已经进行改制，环评单位作为一个独立的市场主体出现与环保行政机构“脱钩”。但这种“天生的联系”目前仍影响着环评单位与环保行政机构的工作。许多环评单位仍是环保行政机构下属的事业单位，这其中复杂的联系，使得环评单位的独立性因潜在的利益关系而无法保障。而进行审批的环保行政机构，其工作人员的奖金收入可能正是来自于事业单位的“贡献”，其亦可能因潜在的利益关系而失去了应有的公正性。
（三）参与环评过程的专家未实现专职化
参与到环评全过程的专家在不同角色中发挥作用，但没有实现专职化，同一批人员在不同的角色中出现，可能出现利益互换，使环评的真实性、客观性无法保证。而环评单位的经济效益好，能专心只做审查工作的专家不多。
环境问题的复杂性、持久性和隐蔽性，环境保护的科学技术性以及环境影响评价是一项学科综合性强、涉及公众利益的专业技术工作。专家对那些与环境影响相关的特定领域的自然规律、生态规律和法规政策运行规律有较深的研究和了解，使得专家在环境影响评价过程中必然发挥着重要的作用。
《环评法》第
5条规定：“国家鼓励有关单位、专家和公众以适当方式参与环境影响评价”。可见，我国已经以法律的方式确定了专家参与环境影响评价的主体地位。
但在环评工作实践中，环评专家们在一些项目中是环境影响评价报告书的制作者，而在另一些项目中又参与到行政主管部门组织的专家审查中。就一个专家来说，在环境影响评价过程中其身份可能是报告的制作者也可能是对报告进行审查的专家。虽然在同一个建设项目中一个专家以这两种身份同时出现是被绝对禁止的，但是，在一定的地域范围内，相关专家的数量是一定的，在此建设项目中你是环评报告书的制作者我是报告书的审查者，在彼建设项目中我是环评报告书的制作者你是报告书的审查者。这种情况之下，专家之间极有可能出现利益的互换从而使专家审查的技术把关作用丧失。
诚然，环评从业人员的素质和能力是环境影响评价作能否满足
《环评法》要求的基本保证。目前，中国开始实施环境影响评价职业工程师制度，职业资格考试亦于2006年开始，这是中国环境影响评价制度中人员管理制度化、法律化的重大突破，要通过职业工程师制度对评价单位进行重新组合，发挥市场的作用，通过强强联合鼓励一些技术能力强的评价单位发展壮大，淘汰一批技术水平不高、工作敷衍塞责的评价单位，同时欢迎国外环境影响评价机构进入中国环评市场，在公平竞争中共同提高环境影响评价水平。[[5]]
