（1）发挥流域管理委员会在宏观层面的作用
从宏观而言，流域管理委员会的作用发挥即在于完善和强化其对流域进行综合规划和区域规划的权力。
流域生态补偿的前提首先需要的就是要对流域进行整体规划，确定流域生态服务的提供者和补偿者的主体。《
水法》第
十七条规定：“国家确定的重要江河、湖泊的流域综合规划，由国务院水行政主管部门会同国务院有关部门和有关省、自治区、直辖市人民政府编制，报国务院批准。跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的流域综合规划和区域综合规划，由有关流域管理机构会同江河、湖泊所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门和有关部门编制，分别经有关省、自治区、直辖市人民政府审查提出意见后，报国务院水行政主管部门审核；国务院水行政主管部门征求国务院有关部门意见后，报国务院或者其授权的部门批准。”可见，流域管理机构享有对部分流域和水体进行综合规划和区域规划的管理权力。
《
水法》第
十六条规定“制定规划，必须进行水资源综合科学考察和调查评价。水资源综合科学考察和调查评价，由县级以上人民政府水行政主管部门会同同级有关部门组织进行。”笔者认为，在现阶段，应尽最大可能发挥流域管理委员会在此过程中的作用，这是因为：第一，各流域管理委员会承担了对流域管理的日常工作，积累了大量的实践经验、掌握了丰富的流域水资源的客观情况，可以更好的承担综合科学考察和调查评价的工作；第二，流域管理委员会代表的是全流域的利益，“建立生态补偿的机制就是要根据不同地区内不同的资源、人口、经济、环境总量来制定不同的发展目标与考核标准，让生态脆弱的地区更多地承担保护生态而非经济发展的责任。”[34]其在考察中的主导思想将更多地偏向于整个流域的生态安全和生态服务的满足，而不是某一个行政区域的区域利益，毕竟在过小的范围内是不可能实现生态补偿的目的的；第三，流域管理委员会隶属于水利部，是水利部的派出机构，在一定程度上可以避免地方保护主义思想的干扰，避免对水资源使用的“公地悲剧”的出现；第四，由流域管理委员会对各流域进行综合规划和区域规划，更是因为各流域在自然环境、经济发展状况、人文社会特点、污染控制等方面的侧重点有所不同，由流域管理委员会根据各流域的实际情况根据经济社会发展需要和水资源开发利用现状编制开发、利用、节约、保护水资源和防治水害的总体部署，在防洪、治涝、灌溉、航运、供水、水力发电、竹木流放、渔业、水资源保护、水土保持、防沙治沙、节约用水等方面进行规划将有助于规划的科学、公平、合理和更好的得到实施。“一个国家可以没有统一的流域管理立法，但不能没有针对特定流域的具体情况而制定的流域法。”[35]
当然，流域管理委员会制定相关规划，并不等于流域管理委员会的“大权独揽”，而是应当建立由流域管理机构来依法主持和协调，充分听取和考虑各行政区的合理要求并保障其经济社会发展的客观需要和权益，会同各级相关地方人民政府和相关行政管理部门共同制订流域综合规划和区域规划。这需要改革我国现行的流域管理委员会制度，建立起一套新的流域管机构体制，对开流域管理机构的法律地位予以明确规定，使其具有行政主体资格，享有完全的水资源管理权限，具有独立的法律地位，承担独立的法律责任。[36]对流域管理会改革的具体方式，学界讨论较多，鉴于文章篇幅所限，不予赘述。[37]
（2）发挥流域管理委员会在微观层面的作用
《
水法》第
十八条规定“规划一经批准，必须严格执行。经批准的规划需要修改时，必须按照规划编制程序经原批准机关批准。”因此，在流域整体规划制定后，流域管理部门的主要职责应当是监督管理和协调具体的涉水事务，当然可以也应当包括流域生态补偿资金的横向财政转移，还可以赋予流域管理委员会在“准市场”中的管理作用等。
