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当然，政府主导式的补偿还应当注重政策补偿、项目补偿等其他补偿方式，尤其是可以给予相关流域地区以相应的政策，如对发展的节能产业、环保企业给予税收优惠、财政补贴等制度；建立跨行政区的项目共建、项目共同开发等。这是政府主导式的补偿的优势所在，应当积极发挥其应有作用和意义。
2．“准市场”的建立
“准市场”是指流域水资源在兼顾上下游防洪、发电、航运、生态等其他方面需要的基础之上，兼顾各地区的基本用水需求，部分多样化用水市场化，在上下游省份之间、地区之间和区域内部按市场化加以配置，这是一个完整的、宏观和微观相结合的供水水资源市场；同时必须和政治手段相结合，建立协商制度和利益补偿机制来保障水市场的实施。[28]
在流域生态补偿中构建“准市场”具有积极意义。“准市场”不意味着完全意义上的市场，而是在政府宏观调控下的“市场”。在流域生态补偿制度的问题上，是不能单纯的依赖市场进行调节的。这不仅因为如上文所述，流域生态补偿的建立依赖于水权制度和初始水权的合理有效配置，而我国现阶段尚未完全构建起来，并且如果完全放手于市场，那么必然将出现下游地区拖欠生态补偿资金，而上游地区却无法进行自我救济的情况，从而导致流域生态补偿制度成为“空谈”。如果单纯依靠政府，将可出现“上游的水质、水量无法满足下游地区的需要”的问题。“准市场”较好的兼顾了两者，因此是现阶段较为适宜的方法。
3．补偿费用的合理确定
对于流域生态补偿费用的确定，从大范围上应包括两个方面，即直接损失和间接损失。直接损失包括建设用于植树造林、防止水土流失的建设项目费及森林养护费等，为减少排污而兴建的污水处理厂、垃圾处理厂的营建与运营费用等。间接费用则主要是因保护生态而放弃的相关项目的建设，进而影响当地发展的损失，是机会成本的计算。当然，有学者提出可以考虑以流域生态价值来确定补偿费用，并提出应在提供流域生态服务的成本和流域生态价值之间确定补偿费用。[29]
笔者认为，补偿费用的确定依赖于具体流域生态价值的评估和确定。目前我国流域生态价值评估机制尚未建立，流域区际生态补偿缺乏相应的生态价值数量技术化的支持。[30]更重要的是，对于不同流域和地区，无论是其计算标准还是计算方法都是不同的，流域管理委员会是可以在其中发挥相应的作用的。
(二)加强完善流域管理委员会在流域生态补偿制度中的作用
虽然现阶段我国流域管理委员会制度存在一些问题，如：现行水权管理体制不能充分体现政府的宏观调控；各级水权管理机构的职权规定不明；流域机构的作用、法律地位需要进一步明确；流域管理与区域管理的关系需要进一步协调；公共参与权与知情权应当进一步得到保障等。[31]但在流域生态补偿中，依然可以通过强化流域管理委员会的作用，实现生态补偿的目的，而流域管理委员会作用的发挥，不仅有其法理依据，而且有其客观可行性。
1．流域管理委员会作用发挥的法理依据
流域管理机构的具体职责包括：流域性立法和执法；流域规划的编制和管理；统一管理流域水资源（包括地表水和地下水）；流域水资源保护；流域防洪管理和防汛调度管理；授权对流域控制行水工程的建设管理；流域水土保持管理；水利国有资产的运营和监督管理等。[32]
笔者认为，流域管理委员会在流域生态补偿中作用发挥的法理依据就在于《中华人民共和国水法》[33]第十七条、第三十条、第三十二条、第四十五条。第十七条规定了流域管理机构享有部分的综合规划管理的权力，第三十条、第三十二条规定了流域管理机构对部分水域进行水功能区划的权力，第四十五条规定了流域管理机构的制定水量分配方案权和旱情紧急情况下的制定水量调度预案权。
2．流域管理委员会的作用发挥的具体内容——宏观与微观
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