4.灵活性。综合生态系统管理是一种适应性管理方式。尽管该方法注重从生态系统的整体性角度进行有效的管理，但也承认各生态系统的个体差异性。生态系统的动态性导致生态系统具体形态的多样化，因此，管理计划和方式应具有一定的灵活性和适应性，以便管理策略能对出现的新情况进行相应调整。[10]
　　
　　（三）综合生态系统管理的方法
　　
　　1.跨部门管理的方法。生态系统的多元生态要素结构、多水平多维度的功能、丰富的多样性生物组成和多种多样的自然资源，决定了生态系统的管理必须是多部门共同协管。通过跨部门管理来维护生态系统的良性循环，同时也是整合生态系统保护和系统内自然资源利用的必然要求。生态系统的上述特征要求采取一体化的方法综合管理自然资源，建立湿地保护管理的多部门协调机制，以实现保护管理的政令畅通和良性互动[11](p49)，如湿地生态系统管理中的部门协管制度就是很好的例证。由于湿地生态系统包含水、草场、林木、农田、各种动植物等多种生态要素，根据对湿地主管部门职责的规定，各级林业部门有权对湿地生态系统进行监管执法，水利、草原、农业、环保等部门有权对湿地生态系统内相关生态要素也有管理职权，为了有效管理和保护湿地生态系统，就要建立由林业部门统一协调、各主管机关共同管理的机制。
　　
　　2.跨行政区域管理的方法。通过跨行政区域管理来保护生态系统，是生态系统结构多样性和功能多元性的要求，也是整合生态系统保护和区域综合管理的体现。如地跨数行政区域的黄河流域、长江流域、珠江流域等生态系统区域保护就广泛地采用了跨区域管理的方法。具体来说，跨行政区域管理的方法不仅表现为上述流域内各级不同行政辖区的街道办事处、国有农场、林场和渔场之间的协调和合作，而且表现为县、市一级主管部门之间的协调和合作，甚至是省一级政府之间的协调和合作。值得注意的是，跨行政区域管理并没有一个固定的模式。实践中，要根据政治体制、区域政府行政能力、文化历史背景、资源习惯利用方式和传统管理模式等多种因素做循序渐进的机制安排，包括法律、法规、地方规章和政策的安排，上一级行政首长领导下的协调机构安排，以及区域政府之间长期或短期的协调和合作机制安排。立法应当注意吸收地方的成熟经验，用法律法规来固定习惯性的或短期的机构安排。对于一些具有特殊保护价值的跨区生态系统，甚至可以通过设立专家委员会和生态系统合作管理委员会来处理跨区域生态系统的保护问题。[12](p70)

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