因此，综合我国的国情，笔者建议在现有的水污染立法体系中，加入并且完善有关非点源污染控制的相关条款，在《
水法》中明确非点源污染的指导思想和立法原则，明确法律关系主体间的权利义务；在《
水污染防治法》中，对非点源污染的监测、控制标准、污染负荷分配、减排措施等做出具体、明确的规定；同时，对于非点源污染中的主要污染源——农业非点源污染，应当考虑制订单行法《农业非点源污染防治法》来进行专项调整。另外，完善与非点源污染相关的法律法规，使非点源污染控制有法可依。
（二）立法原则
笔者认为：制定并完善我国非点源污染相关的法律法规，必须要遵循以下立法原则：
1.“预防为主，从源头削减”的原则
基于非点源污染的特点及国际上对非点源污染进行管理控制的经验，对非点源污染采取区别于点源污染的防治措施是必要的。非点源污染从产生机理，到所涉及的社会行为，都与点源污染有着很大的差别。对非点源污染的控制措施不能像对点源污染那样实施末端控制。因此，我们应当转变当前以控制点源污染为主的立法指导思想，明确对非点源污染采取不同于点源污染的控制措施，做到控制点源与控制非点源并重。同时，对非点源污染的控制应当坚持“预防为主，从源头削减”的立法原则。在所有参与非点源污染的各种社会行为中，参与“源”过程的各种社会行为，是影响非点源污染的主要因素。控制了非点源污染产生的源头，就能够较好地控制非点源污染。
2．坚持流域综合治理的原则
由于非点源污染具有空间上的广泛性、时间上的潜伏性与不确定性等特点，这就使得在控制治理非点源污染时难以找到明确的污染源，因此，必须依照污染物迁移的水文学原理，确定需要进行污染削减或污染负荷管理的控制子流域区，以便在相应的控制子流域内实行非点源污染负荷的管理与削减。而传统的行政区划分往往会打破流域的整体性，使得本处于同一流域的地区却分属不同的行政区管辖，降低了非点源污染的控制与管理的工作效率。因此，坚持流域综合治理，是非点源污染控制立法能否得到贯彻实施的关键所在。
3．采用最新成果制定非点源污染控制标准的原则
非点源污染控制的立法应当更加灵活，更具开放性，以便紧跟其非点源污染研究的最新动态。由于非点源污染具有滞后性、模糊性、潜伏性，信息获取难度大，危害规模大，研究、控制与管理难度大等特点，使得相比点源污染来说，非点源污染的定量监测工作更加困难和复杂。而非点源污染负荷的定量工作又是非点源污染控制立法的关键环节。起初，在现有的技术条件下，我们只能通过数学模型来模拟非点源污染负荷，但是随着空间技术和计算机技术的不断进步，近年来，以 GIS(地理信息系统)为核心的 RS(遥感技术)技术，即 GIS、RS和 GPS(全球定位系统)，在非点源污染研究领域得到了应用，并取得了飞速发展，逐渐成为对非点源污染负荷进行定量研究的主要手段。随着技术的不断进步，相信还会有更加准确更加科学的技术方法出现，因此，有关非点源污染控制的立法或者标准的制定都应参照最新的科学研究成果。
4.行政机关和污染者共同承担防治义务的原则
在控制点源污染中，本着“谁污染谁治理”的原则，污染者有义务停止污染，并对其污染行为的结果承担责任。污染者承担责任在一定程度上能够起到遏制随意排污、减少污染排放的作用，但是，对于非点源污染来说，污染者往往数量众多，难以确定其中谁承担的责任大谁承担的责任小，因此，只能确定在一个小流域范围内总共的非点源污染负荷。也就是说，对于非点源污染进行治理的义务，不能按照治理点源污染的模式去进行规定，应当坚持行政机关和污染者共同承担防治义务。另外，非点源污染的污染面积大，治理困难，单靠某一方面的力量难以很好地控制非点源污染。因此，对于非点源污染的治理，污染者因其自身行为而负有治理污染的义务；管理者因其掌握着大量的社会资源而有条件且有利于非点源污染的治理。也就是说，产生污染的生产者和企业有义务按照相关法律法规的规定，在生产中减少非点源污染排放，并且有义务实施有关行政机关落实到自身的非点源控制削减措施；作为管理者的行政机关负责规划、监测污染负荷和制订污染控制削减措施；同时，科研部门有帮助行政机关制订控制标准和控制管理计划的义务。
