对司法审计请求权可以用三种方式进行处理：

　　其一是设定一个类似民事诉讼中的督促程序的申请司法审计令程序。股东在申请书中申明司法审计的理由，法院经审查后向公司发出审计令，公司在异议期内未提出异议的，审计令生效。公司在异议期内提出异议的，审计令程序终止，股东可另行提起司法审计之诉。也有司法人士建议，设定一个申请调查令程序。公司在异议期内未提出异议的，调查令生效，股东即可查阅公司的会计账簿⑿。申请调查令程序由股东自行查阅账簿和凭证，其不足之处如上述，不如进一步设计为申请司法审计令程序。

　　第二种是以裁定书的方式，裁定对被告公司某一期间的财务会计账簿、财务会计凭证进行审计，并由法院委托会计师事务所具体进行⒀。

　　第三种方式是判决对被告某一期间的的会计凭证和账簿进行审计。判决生效后，如股东与公司之间无就如何履行判决达成一致意见的，可由原告向法院申请执行，由法院委托审计机构进行审计。

　　司法审计的大致操作步骤可如下设计：

　　1、如双方可商定审计机构的，由双方商定。如不能商定的，由法院在数个有合法资质的审计机构中公开抽签决定；

　　2、将需要审计的会计账簿和原始凭证全部交给审计机构，审计机构出具清单和保守商业秘密的保证函。会计账簿和原始凭证等由审计机构保管，股东不可单方取走；

　　3、审计地点在审计机构办公室；

　　4、公司和股东得接受审计机构的询问。股东对可疑单据可提出质询，公司必须予以解释，公司不作解释或不到场的，视为公司放弃解释权。必要时可由法院主持质询会；

　　5、以双方认可的单据作为审计的依据。对符合法律规定但股东不认可的单据，由审计机构单列，是否采信由法院决定。对不符合法律规定且股东不认可的单据，不予采纳；

　　6、审计的期限从1个月至6个月，根据审计工作量决定，因客观原因可依法延长；

　　7、审计中发现公司有人涉嫌职务犯罪的，移送司法机关处理，可根据情况决定是否中止审计；

　　8、审计完毕，编制审计报告送达各方。账簿凭证全部交还公司；

　　9、对审计结果有异议的，可申请复查或补充鉴定，或者由另外的具有更高资质的审计机构重新审计。一案的审计以两次为限。由法院认定最终的审计结果。

　　结束语：修订后的《公司法》规定了有限责任公司股东的会计账簿查阅权及救济途径，保护了股东一方的利益但对公司的利益却造成潜在的威胁，失之偏颇。对不上市的股份有限公司股东的会计账簿查阅权却未作规定。对这两类公司的股东查阅原始会计凭证的请求，司法实践中如不予支持，这对股东行使知情权非常不利。如支持，则“可能损害公司合法权益，影响公司的正常经营”。新《公司法》第34条第二款并不能有效地落实股东的知情权。相比之下，通过司法审计来解决股东与公司之间的知情权纠纷不失为一种更好的方法，可以兼顾股东与公司的利益。从这点来讲，在落实股东知情权的问题上，司法审计制度比账簿凭证查阅制度周全，比检查人选任制度可行，更为适合中国目前的国情和社会现实。