针对土地补偿费用较低的状况，有学者建议根据我国的土地所有权状况以及征收立法的实际进行改革，即区分公益性征收与非公益性征收，根据不同的征收目的确定不同的补偿标准。公益性征收，其征地补偿标准按照现行《土地管理法》和《土地管理法实施条例》的规定执行；非公益性征收，其征地补偿标准要适当提高。因为国家为公益目的征收集体土地之后，通常以划拨的方式将土地使用权提供给公益事业者，因此其征地补偿标准按现行法律法规的规定执行是合乎情理的；而非公益性征收，因其营利性，国家通常在征收后，将土地使用权以出让方式提供给非公益事业用地者，因此，其征地补偿费用应当与土地的市场价格成正比。具体可行的操作方案不是由国家或用地者与集体土地所有权人协商确定费用数额，而是在支付法定征地补偿安置费外再由国家将土地使用权出让金部分返还给集体土地所有权人，或者由国家以国有土地使用权等实物形态对集体土地所有权人另行给予补偿。从而在一定程度上弥补农地与建设用地之间的巨大利益差，起到保护耕地、限制集体土地使用权流转和保护农民及农民集体利益的作用。[4]虽然非公益性征收的提法有失科学，但这种区分补偿的方法在目前我国的征地实践中却也不失为一种权宜之计。

　　土地补偿费用偏低是我国土地征收补偿的重要问题，但同时还存在着补偿费用分配方面的问题，这更加剧了现阶段我国土地征收补偿的缺陷。《土地管理法实施条例》第26条规定：土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗所有者所有。征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。需要安置的人员由农村集体经济组织安置的，安置补助费支付给农村集体经济组织，由农村集体经济组织管理和使用；由其他单位安置的，安置补助费支付给安置单位；不需要统一安置的，安置补助费发放给被安置人员个人或征得被安置人员同意后用于支付被安置人员的保险费用。对于上述分配方案，地上附着物及青苗补偿费的归属比较明确，由所有者占有；但土地补偿费和安置补助费的归属则比较容易产生问题。由于集体所有权的主体抽象，在实践操作中对于该所有权的行使主体容易产生争议。村农民集体所有权属于我国现阶段集体土地制度的主要形态，因此我们以该种所有权为例子进行讨论。村农民集体所有权包含着两种解释路径：一个是虚拟的整体存在——村，它是由全体村民组成，但超越村民，体现为一个人格化的存在；一个是全体村民的总和。在土地的经营管理方面，一般是由村集体经济组织或村民委员会来行使的，但对于土地补偿费用的分配，则容易产生分歧。如果遵循第一种解释路径，则土地补偿费应当由村集体经济组织或村民委员会掌握并管理；如果遵循第二种解释路径，则土地补偿费应当由村民共同享有并实行平均分配。从实践操作来看，对于土地补偿费的处分，既有由村民委员会掌握并使用的，也有直接在村民之间进行分配的，或者村民委员会留一部分而村民之间分一部分。农民与村委会就征地补偿的分配进行了博弈：村委会以要投资办企业，加强集体经济，防备村民吃光分光而无以后的保障等为由，尽可能多留一些；村民以村长和村委会可能将征地补偿贪污、挪用，办企业中吃回扣、让自己亲属就业，投资办厂可能亏损等等为由，而尽可能争取多分配到每个涉征农户。博弈分配的结果：如果村长和村委力量强，村里多留后，由于村民与村长和村委之间委托代理关系的无约束，确实被村长村委投资亏损的，贪污挪用的，甚至被上级政府以各种名目提走的，而被征地农民生活无着的情形所在多有。集体的虚构造成了集体的异化，导致了村委会专制和村干部的滥权。而土地补偿费用由村民平均分配的，又涉及到补偿费用分配的分额确定，比如是仅在被征地农户之间分配，还是在全体村民之间分配；分配比例是平均分配还是按征地比例分配。每一种方案都涉及到对集体所有权、承包经营权的实质理解和村民之间的程序协商。而《土地管理法》及相关法律既缺乏实质规定，也未设置相应的协商与决定程序，导致实践中的分配方案比较随意且争议较大。如果将补偿费用定位侧重于对集体经济组织的补偿，则应当在全体村民之间分配，则被征地农民作为集体经济组织的成员有权请求剩余土地的承包经营权，势必需要集体重新调整农地承包经营权，从而使被征收土地的农民获得相应的土地分额，这对于土地承包经营权的稳定产生一定的影响。如果将补偿费用定位侧重于对被征土地上承包经营权的补偿，则应当在涉征农民之间分配，而其无权再请求对于集体土地的承包经营权，那么容易导致农民因失去土地而失去生活保障，而农民由于自身创业和就业能力差，还可能在短期内将补偿款消费殆尽后成为无土地、无工作的流民，从而带来严重的社会问题。