隔离式量刑程序的具体设置过程中存在着不少具体的疑难问题，引发了不少争论，笔者所力推进行的芜湖量刑程序改革中对这些疑难问题也进行了初步的探索，[7]在这些问题中比较突出的问题包括：
第一，不认罪案件的量刑程序如何设计是整个量刑程序改革中最为疑难、最具挑战性的问题。对于不认罪案件，[8]先解决罪与非罪、此罪与彼罪的问题，在定罪阶段审理结束后，合议庭休庭进行评议，就是否有罪问题作出决定，认定被告人有罪的，开启量刑程序的审理，认定被告人无罪的，直接作出无罪判决结束审判程序。实践中，合议庭对于是否能够认定有罪往往在当庭不能作出判断，需要结合卷宗中的其他证据进行分析，或者提交审判委员会讨论，此时量刑程序的审理势必需要再次开庭。合议庭认为被告人行为构成犯罪的，应当口头通知被告人有罪的决定，并告知其准备量刑程序的审理。定罪阶段与量刑阶段之间间隔时间的设置应当充分考虑控辩双方对量刑事项的准备工作是否充分，特别是要为辩方准备量刑辩护预留充分的时间与条件。
作为定罪与量刑两个阶段之间的连接环节，合议庭作出的有罪决定是一种暂时性的决定，由于整个审判程序尚未完全结束，还需要待量刑结果明确后，将定罪与量刑的认定统一制作判决书，方才产生具有法律约束力的、可上诉的判决。这种介于定罪与量刑之间的有罪决定只是起到连接定罪与量刑两个阶段的程序推进的作用，不应当具备实体效果，以避免将审判程序彻底地割裂为定罪与量刑两个阶段。
在案件审理转入量刑阶段后，量刑程序的具体步骤可以设计为：审判人员首先概括定罪阶段已经查明的量刑事实并告知控辩双方对定罪阶段已经查明的与量刑有关的事实无需在量刑阶段重复提出，接下来由控方发表量刑建议并提出相应的证据，辩方可以进行质询。辩方也可以发表量刑意见并提供证据予以证明。最后控辩双方分别就量刑阶段查明的事实与主张作总结陈词。在上述量刑程序中，被害人可以出庭就量刑问题发表自己的看法；如果法院委托了相关社会组织制作了社会调查报告，报告制作人应当当庭宣读其调查报告并回答控辩双方的提问。在上述量刑程序中，并未模仿目前庭审流程中的两大阶段的划分，区分为量刑事实的调查与量刑辩论，而是将对量刑证据的查明与具体量刑幅度的辩论合而为一，从控辩双方以及其他量刑程序参与人角色差异出发，设计了量刑程序的各具体步骤。这种设计避免了相对独立的量刑程序设计中可能出现的“两次法庭调查、两次法庭辩论”的这种叠床架屋式的庭审步骤设计。
第二，定罪阶段与量刑阶段的划分要以定罪事实与量刑事实的甄别为前提。刑法上关于犯罪构成要件的规定使得许多案件中的事实既是定罪事实，也是量刑事实，比如数额犯当中的数额，本身既关系到犯罪的成立，也与对被告人的量刑直接相关。在区分二者时，如果某一事实既是定罪事实，又属量刑事实，该事实就在定罪阶段进行调查，此时不可避免地要在定罪阶段附带地查明该量刑事实，从这个角度看定罪与量刑两阶段的划分并不是绝对的。然而同时又不能否认的是，有些事实仅与量刑有关，属于纯粹的量刑事实，比如被告人的一贯表现、前科、自首、立功等情节、犯罪后的悔罪表现、退赃退赔情况、被害人谅解情况等法定、酌定量刑情节以及案外情节。对于纯粹的量刑事实则只能在量刑阶段进行查明，在定罪阶段不再涉及。考虑到实践中个案的复杂情况，当对个别案件中的个别事实属于定罪事实还是量刑事实存在争议时，可由法官在听取控辩双方意见的基础上作出裁决。定罪事实与量刑事实的有效甄别为定罪阶段与量刑阶段的划分勾勒出明确的分界线，定罪阶段围绕着定罪事实展开法庭调查与辩论，量刑阶段围绕着查明量刑事实与情节展开，两个阶段分别围绕达成判决所必需的不同任务开展工作。
