其三，刑罚配置不尽合理导致刑罚在打击和预防侵犯网络知识产犯罪时未能充分发挥其一般预防和特殊预防的功能。从世界范围内来看，各国都非常重视在惩治侵犯（网络）知识产权犯罪时强化适用罚金刑和资格刑，其目的是通过剥夺犯罪人的财产，削弱犯罪人的再犯能力，达到特殊预防的目的；通过对行为人依法剥夺或者限制其从事与知识产品的生产、流通等相关的业务资格，消除违法犯罪人再次实施犯罪行为的机会，并警戒其他从业人员和组织，达到一般预防的目的。[9]然而我国刑法不仅没有资格刑的规定，且对罚金刑的适用也因无限额罚金制的规定模式使其在司法实践中难以具体操作运用，不利于严厉打击侵犯网络知识产权犯罪。
第三，刑事诉讼程序设计不尽合理保护网络知识产权的罪刑规范在司法实践中的适用能否取得预期的效果，关键还在于刑事诉讼程序的规定是否能与之协调配合。针对侵犯网络知识产权犯罪来说，其相关的程序设计主要包含于侵犯知识产权犯罪的程序设计之中，因而侵犯知识产权犯罪的程序设计缺陷就是侵犯网络知识产权犯罪程序设计的缺陷。我国侵犯知识产权犯罪的程序设计缺陷突出反映在下列方面：
首先，基本上绝对的公诉发动机制，不利于受害人维护自己的权利。
对于侵犯（网络）知识产权犯罪，我国刑事诉讼程序基本上采取的是公诉发动机制，这与多数国家采取自诉与公诉相结合，自诉为主、公诉为辅的原则不同。后者主要是基于侵犯（网络）知识产权犯罪首先侵犯的是权利人的合法权益，因此对犯罪人是否发动刑罚权，法律交由受害人决定，国家一般不过多进行干预，即将此类犯罪规定为亲告罪。而我国现行刑事法律却并未将侵犯（网络）知识产权犯罪规定为亲告罪，尽管1998年1月19日施行的《关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第4条规定：“被害人在有证据证明且犯罪行为不是严重危害社会秩序和国家利益的情况下，可以直接向人民法院提起诉讼”，但是从近几年来侵犯知识产权犯罪的立案数量来看，进入刑事诉讼程序的案件数量少之又少，这同侵犯（网络）知识产权犯罪实际数额之多形成了鲜明对比，与其使法律的规定减损意义，还不如将其设置成为结合式的灵活起诉方式，既考虑到被害人的自主权，也照顾到了公共利益和秩序的维护。
其次，临时措施不够明确具体。
TRIPS协议第50条规定：“为了制止侵犯任何知识产权活动的发生，尤其是制止侵权商品进入商业渠道，保存被诉为侵权的有关证据，司法当局应有权下令采取及时、有效的临时措施。”这是为制止即将发生的或者存在着发生危害性的侵权行为，及时、有效、公正的执法保障双方当事人的权利而设立的保护机制。我国立法上同上述TRIPS协议相关的规定尚欠完备，立法上没有明确法院有权根据当事人的申请，在诉前作出制止即发侵权或保全证据的裁决。新的商标法和著作权法虽然较好地吸收了TRIPS协议关于“临时措施”的规定，允许当事人可以在诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，可以申请诉前证据保全，但我国目前所制定的临时措施没有具体规定其适用的条件、范围、担保、期间等环节，刑事法律未能对此予以明确规定，这对保护（网络）知识产权刑事案件自诉人、被害人以及附带民事诉讼中原告人合法权益非常不利。[10]
