（四）排污收费制度的认识和定位不准，且在实施过程中技术上有障碍
排污许可证制度是作为附属性制度出现，其主要任务是为实施污染物总量控制服务，总量控制制度由于种种原因尚未能很好推行，依附于其的许可证制度也因而陷入窘境；由于将排污许可证制度与总量控制制度捆绑在一起，总量控制制度的推行需要强大的技术支持，而目前这种技术供给仍然不足够，使得排污指标的分配也难以进行。因此应将排污许可证制度从总量控制的框架内独立出来，将排污收费制度作为一项对排污行为进行全面控制和管理的制度。不仅实行总量控制的污染物的排放需要申领许可证，实行浓度控制的污染物的排放也需要申领许可证。总量控制许可证根据国家和地方的污染物总量控制计划发放，浓度控制许可证则在申请者经过环境影响评价审批和“三同时”验收后，按照浓度控制和其他法律要求发放。
（五）防治机动车污染制度的问题
《
大气污染防治法》的规定不足以防治机动车船污染：《
大气污染防治法》规定仅“在用机动车不符合制造当时的在用机动车污染物排放标准的，不得上路行驶。”但是在用机动车尽管符合当时的排放标准，可能污染也极为严重。因此规定不得上路行驶无法从根本上达到减少污染的目的；只规定省、自治区、直辖市人民政府规定对在用机动车实行新的污染物排放标准并对其进行改造的，须报经国务院批准。但对如何改造，《
大气污染防治法》缺乏具体的规定。此外《
大气污染防治法》规定的监督抽测制度无法实施。法规中缺乏对机动车年检单位资质的要求。基于环境保护的需要，仅在机动车停放地进行监督检测不能达到防治机动车排放污染的目的。而环境保护行政部门又无权对行进中的机动车进行监督。
基于上述原因，《
大气污染防治法》中有关防治机动车污染的条文应作较大幅度的修改，应建立严格的淘汰制度，机动车污染物排放严重超过国家和地方排放标准，经限期治理仍不能达标排放的，可以由环境保护行政主管部门责令停止使用或者按照有关规定强制淘汰；建立在用机动车实行新污染物排放标准时的补偿制度，对于因实施新标准改造而造成的损失，省、自治区、直辖市人民政府根据相关规定予以适当补偿；建立机动车排污收费制度。将车辆购置税或其他有关税种收入中的若干比例建立机动车排放污染专项基金，用以支付补偿金以及其他机动车排放污染防治费用，具体实施办法由省、自治区、直辖市市人民政府制定。机动车维修单位，应当按照防治大气污染的要求和国家有关技术规范进行维修，使在用机动车达到规定的污染物排放标准；增加环境保护行政部门监督抽测的范围，明确年检机构的资质，引入环保标志制度。承担机动车船检测的单位必须具备以下条件：1．已取得有关部门认定的机动车检测资质；2．检测设备必须符合有关检测标准和县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门的相关要求； 3．各岗位人员必须经过专业培训合格。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门可以根据机动车污染排放水平和状况对机动车实行环保标志管理制度，对符合国家和本市排放标准、没有违法记录的机动车核发和换发环保标志。未取得有效机动车排放合格标志的机动车，不得上路行驶。对机动车排放污染物进行检测必须按照规定的检测方法和排放标准，并对污染物排放控制装置进行检查。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门可以对在用机动车的污染物排放状况进行监督抽测。相应机动车管理部门须予以配合。
