为了适应法院退查权废除后新的刑事诉讼模式和制度安排，解决司法实践中已经出现和可能出现的问题，以后的司法解释又赋予法院若干补充性和替代性权力。一是起诉材料审查权。根据《六机关规定》第37条和《最高人民法院关于执行＜刑事诉讼法＞若干问题的解释》（以下简称《刑诉解释》）第117条，法院应当对检察院移送的起诉材料进行审查，对于检察院移送的起诉材料不符合程序和形式要求的，法院可以区别情况退回检察院、不予受理或要求检察院在三日内补送材料。二是证据材料调取权。根据《六机关规定》第41条和《刑诉解释》第158条，法院向检察院调取需要调查核实的证据材料，或者根据辩护人、被告人的申请，向检察院调取在侦查、审查起诉中收集的有关被告人无罪和罪轻的证据材料，应当通知人民检察院在收到调取证据材料决定书后3日内移交。三是补充或变更起诉建议权。根据《刑诉解释》第178条，法院在审理中发现新的事实，可能影响定罪的，应当建议检察院补充或者变更起诉。四是补充侦查建议权。根据《刑诉解释》第159条，合议庭在案件审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料中没有这方面的证据材料的，应当建议检察院补充侦查。

　　以上权力特别是补充或变更起诉建议权的设置，其初衷无疑是设置一个缓冲空间，避免法院与检察院因对案件认识不一致而导致的冲突。但是，这些缓冲性权利的设置无法替代法院的退查权。四项权力中，虽然被纳入《六机关规定》中的两项权力对检察院具有一定约束力，其余两项权力都仅在最高法院制定颁布的《刑诉解释》中加以规定，其效力并不能及于与法院平行的检察院。也正因为如此，两个条款都没有规定法院行使此项权力后，检察院应当如何配合。这样的权力即使不是形同虚设，其行使以后的效果如何也可想而知。

　　二、坚持与妥协：退查权废除后法院的两难抉择

　　理论上法院退查权的废除是刑事诉讼制度的进步，但是落实到司法实践中，却产生了严重的问题。那就是：法院和检察院所站的立场不同，对案件事实的认识、对于“事实清楚、证据确实充分”的标准也完全有可能不同；当法院对基本事实的认识与公诉机关不一致，或者认为证据存在瑕疵时，常常感到无所适从，不管是作无罪判决、有罪判决还是“留有余地”的判决，都需要在维护社会正义、维护法院权威、维护大局稳定和维护法律的一致性等多重价值中艰难抉择。