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以对无机投入的不同态度为主要区分标准，既有的“替代农业”模式可以大体分为两类：一是完全排斥化学合成物投入的“替代农业”，以“有机农业”（Organic Agriculture, or Organic Farming）为典型；二是并不完全排斥化学合成物投入的“替代农业”，以“可持续农业”（Sustainable Agriculture，or Sustainable Farming）为典型。“有机农业”模式主张依靠农业生态系统本身的自然再循环能力进行农业生产，反对施用化肥、农药等无机物。由于“有机农业”排斥化学合成物的投入，而一时又未能获得更有效的有机替代物，造成在保护生态的同时不能很好顾及社会对农业产出量要求的现实问题，所以在推广上遇到一定困难。“可持续农业”模式是20世纪80年代中期以后可持续发展思潮对农业发展模式渗透的结果，它强调经济效益、社会效益和生态环境效益的协调统一。出于经济利益要求，“可持续农业”不反对具有强大农业增效功能的化学合成物的投入；出于生态效益考虑，“可持续农业”反对化学合成物的滥用以致生态失衡，所以“可持续农业”在农业无机投入上的态度是主张化学合成物的合理使用。由于“可持续农业”理论较好迎合了社会对经济社会发展和生态保护的多重要求，所以获得了较普遍的社会认同。[14]
㈡“有机农业”和“可持续农业”的选择
应该指出的是，不能根据“有机农业”和“可持续农业”的发展现状，而简单地结论后者是对前者的矫正或替代。[15]本文认为，长远地看，“有机农业”是更理想的农业模式；而现阶段，“可持续农业”是更现实的农业模式（尤其对于后发国家），更具有普适性。
第一，“可持续农业”模式下的生态保护和生态建设能力具有不周延性，“可持续农业”模式能否实现农业可持续发展有更多不确定性。将“有机农业”和“可持续农业”相比较，“可持续农业”的长处在于较好地考虑了农业产出效益问题，又将生态目标纳入了农业发展目标体系，试图实现经济、社会和生态环境效益在农业生产中的和谐统一。其欠缺之处在于：关于经济、社会和生态环境效益的平衡并无确切的标准，受人的有限理性和自利性的影响以及种种客观情由的制约，宏观层面如何平衡经济、社会和生态环境效益将会始终是个难题，微观层面如何评判化学合成物的合理使用也是个很难确切回答的问题。尤其是，由于化学投入仍是“可持续农业”增效的直接因素，必然潜在更多地依赖化学投入的行为激励，很难完全消除“石油农业”的发展思路。
第二，“有机农业”对“石油农业”的生产方式设立了更严格更明确的禁限，在生态保护和生态建设上态度更为坚定；只是目前其发展尚受到客观条件限制。如果说“可持续农业”是对“石油农业”的修正，“有机农业”更倾向于一种变革。“有机农业”对“石油农业”高投入、高污染方式的种种明确禁限，可以较有效排除“石油农业”的发展思路。“有机农业”发展限制主要源于尚无有效的增产投入替代：“有机农业”放弃了化学投入，却尚未能找到更有效的有机投入替代。然而，可以期待的是，随着农业生态化技术的进一步发展，更多更有效的有机替代技术和产品必会出现，农业生态化技术的成熟必然会有力支持“有机农业”的综合发展。
第三，在“有机农业”技术支持和发展条件尚不充分的情况下，修正了“石油农业”的“可持续农业”是一种更现实的选择。缺乏技术支持的有机农产品只能是农产品市场中的“稀缺品”，不能满足一般社会对农产品的一般性数量需求；其价格补偿要求也往往与一般社会平均购买能力和支付能力不相符合。所以，目前对于大多数国家和地区而言，尤其对于温饱尚有问题或者购买能力普遍低下的广大发展中国家而言，“有机农业”还不可能成为农业生产的主导模式。相比之下，“可持续农业”更能在灵活地兼顾农业生态的基础上满足现阶段一般社会对农业和农产品的第一要求（数量和价格要求），为一般公众提供购买力之内的丰富的农产品，所以，不失为一种较优的现实选择。
㈢中国农业模式的选择
中国具有生态友好型农业的传统。早在世界生态学概念提出之前，中国的传统哲学就已经融合了很多生态学的思想，如“五行”相生相克观、 “二十四节气 ”说，等等。融合了这些朴素的生态学思想的中国传统农业在合理保持土壤肥力、物质循环利用等方面积累了丰富的实战经验，例如将作物秸秆，人畜粪尿，有机垃圾等经堆积腐熟还入田中，实现“来之于田，归之于田”的物质循环利用的做法。并且，很多传统农业的生态经验经总结传承流传至今，例如《农桑辑要》和《农书》等古代农学著作中提出的“地力常新壮而收成不减”的土壤肥力学以及改良风土的作物生态论。[16]
可以说，中国传统农业的生态经验源远流长，其间虽经“石油农业”的冲击，至今仍是蕴涵在中国农业文化中的生态习惯，并构成中国现代农业生态思潮的重要思想基础和理论渊源。自20世纪70年代末80年代初开始，中国就开始了“替代农业”的探索和试点，尤其是借鉴历史经验，围绕“生态农业”模式出现了一系列较有成效的做法，诸如北方“四位一体”生态农业模式、南方“猪-沼-果”生态农业模式、西北“五配套”生态农业模式等，也出现了一批将农业与生态较好结合的生态示范村。当然，总体而言，中国现代农业离生态目标还相去甚远，中国农业的生态化实践至今仍主要停留在试点阶段。这二十多年来中国农业现代化进程应该说主要还是一个学习并迅速“石油农业”化的过程。但是，如今可持续发展已成为中国现代农业发展的确定主题，面对“石油农业”引发的种种生态问题，中国农业不能继续“先污染、后治理”的老路，“生态农业”等“替代农业”模式应适时适地的尽早全面展开。
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