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为了克服政治上的障碍以及交易上的困难，最初的污染权往往是免费的，因为如果强行撤销企业已取得的排污许可,而有偿地通过拍卖等方式将这些排污许可再分配,则很可能会遭到现有企业的竭力反对,从而使初始权分配变得困难重重。
现有排污者免费排污，而新进者必须付费，这明显违背“污染者付费原则”，有违公平。在此意义上，“污染者付费”就变成了“污染者获利”。虽然在理论上可以通过计算得出既存污染者的成本得失来加以修正，但是法律并未作对此要求。这种差别待遇必然会妨碍新进企业的加入，政府也没有尽到为市场主体提供市场平等准入条件的责任。
2、经济刺激制度中的不确定性
法律制度均应具有确定性以利于公众理解和遵守，经济刺激制度作为环境保护法律中的一项重要制度也应如此，但是由于市场本身的不确定性以及经济过程的复杂性，经济刺激手段在环境保护领域内面临多种矛盾。
经济刺激手段的广泛应用，使得很多以前须经行政程序或司法程序处理的问题得以在市场过程中解决。但由于经济刺激制度中的不确定性，这给传统的行政和司法体系带来了一系列新的问题。以美国公民诉讼条款为例，环保团体可以用其规制政府行为并要求其制定相关规范，而在经济刺激制度中，环保团体无力干预。
经济刺激制度中的不确定性，也可能造成环境保护的政治化。既得利益者为了避免不确定性，偏好命令规范，因为这可以阻止新竞争者进入，维护污染者的经济利益。环境保护法规制定者和执行者为了将不确定性最小化，也对经济刺激手段的运用有所节制。针对经济刺激的不确定性，企业可能宁愿选择贵的但可确定的，也不选择有利但不确定的。在某种意义上说，经济刺激手段自身的缺点限制了其在更大范围上的应用。
（三）环境保护中经济刺激手段的综合评价
环境保护是一个极为复杂的政策课题，因此环境保护手段的选择除效率的理性计算外，会有更多的社会实务必须予以考虑。
由于经济刺激是通过市场这只“无形的手”来实现的, 现实中众多的因素都会影响其实施效果。比如企业的性质和内部结构可能影响其对经济刺激的反应。自主权受限制或集体所有的企业，不可能总是受到一个清晰的费用最小化的刺激；而内部结构把生产技术决策与财政决策分开的企业，对市场刺激的反应较为缓慢。即使有清晰的刺激和企业一体化的决策机制，如果污染企业处于垄断地位，可以通过限制产量来维持利润，经济刺激的作用便相当有限甚至不起作用。因此，经济刺激手段尽管具有理论上的效率优势，但实施效果因为影响因素众多而存在相当多的不确定性[9]。
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