其二，集中式饮用水资源的开发和利用具有特殊性。对集中式饮用水资源进行生态补偿关系到公众的饮水健康和安全；集中式饮用取水行为牵涉到注水区、取水区、用水区等广大地域的利益，利益涉及面十分广泛；集中式取水行为涉及到经济利益、社会利益和生态利益的平衡问题，矛盾错综复杂。只有采取政府主导的模式，通过政府行为调节各方利益、缓和各种矛盾才能确保集中式饮用水资源生态补偿的顺利实现。
　　
　　其三，市场机制不健全，市场中非政府市场主体不成熟，无法独立地完成大规模的集中式饮用水资源生态补偿。学界普遍认为，生态补偿是生态服务受益者对生态服务提供者所给予的经济补偿。也就是说在生态补偿中存在着一个由生态服务提供者、生态服务受益者为主体，以生态服务为中介的市场。微观经济学研究表明，在一个信息完全和均衡的市场中，所有的市场主体发育成熟，市场中供需双方才有可能就服务与价格进行谈判，通过充分的谈判取得一致，最终促成交易的达成。因此可以得出这样一个结论，即市场主体发育成熟是谈判的前提，而谈判是交易的前置行为。以集中式饮用水资源为资源要素的市场中，存在着作为所有者的政府，集中式饮用水资源生态服务提供者的水源地和集中式饮用水资源生态服务受益者的取水者。就目前的情况来看，集中式饮用水资源生态服务提供者和受益者发育的还不够成熟，既并没有形成一个统一的利益群体，以一致的市场行动维护自身利益，又缺乏各自的利益代表人参与市场谈判。由此看来，以市场为主导进行集中式饮用水资源生态补偿是不现实的。
　　
　　政府主导集中式饮用水资源生态补偿并非完全否认市场机制的作用。在集中式饮用水资源生态补偿中市场机制可以弥补政府单一调控的弊端。从已有的生态补偿实践来看，政府主导模式普遍依托公共财政制度，以政府财政转移支付为主要手段来实现生态补偿。这种做法存在代理成本较高、资金使用效率低下、目的性不强等弊端。另外，完全依靠政府实现生态补偿也不利于生态服务市场的培育和形成。
　　
　　三、集中式饮用水资源生态补偿主体
　　
　　学界普遍认为，生态补偿是指生态服务受益者对生态服务的提供者所给予的经济补偿，所以，生态补偿主体应是生态服务受益者。有学者将生态服务受益者具体归纳为：生态受益产业、生态受益区域和全体生态受益的自然人。[4]有学者主张“生态补偿主体行政化”，认为现行立法没有对生态补偿主体做出明确的界定和规定，也没有对各利益相关者做出明确的界定和规定,有的也仅限于原则性的规定。[5]有学者主张将生态补偿的主体认定为国家。有少数学者以区域为标准划分生态补偿主体和被补偿主体。

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