彭水县对公民言论自由的侵犯是严重和系统性的，的确像有人在网上批评的那样，是在制造新型文字狱。公安部门大规模传讯无辜公民，反复追问他们发短信的动机，核对转发的名单，要揪出躲藏在诗词背后的“黑手”。公安部门的人还把案件往党和国家领导人方向扯，说什么在秦中飞QQ聊天记录里发现了一些有关国家领导人的图片，这些图片“破坏了党和国家领导人形象，甚至牵扯到非法组织”，“已经由公安局国保大队立案并查”。可以看到，彭水县有关地方国家机关的官员在整个侦查过程中肆意践踏公民基本权利，挖黑手、无限上纲、罗织罪名，搞的完全是封建专制和“文革”那一套。这些非法的恫吓手段造成了恐怖气氛，直接侵害了秦中飞和众多被传讯者的言论自由，间接侵害和压制了全县人民的言论自由。其结果是彭水县城的人们开始人心惶乱，按当地一位退休干部的描述就是，“人人自危，不敢谈论政治”，“没人敢对政府官员说三道四”。难怪有人民代表说宪法赋予公民的言论自由在彭水“全部消失了”！这是最严重的社会不和谐！
（五）当地公安部门、检察机关还侵犯了公民的人身自由。人身自由即公民有支配其身体和行动的自由，非依法律规定，不受逮捕、拘禁、审讯和处罚。[7]我国宪法第37条规定：“中华人民共和国公民的人身自由不受侵犯。任何公民，非经人民检察院批准或者决定或者人民法院决定，并由公安机关执行，不受逮捕。禁止非法拘禁和以其他方法非法剥夺或者限制公民的人身自由，禁止非法搜查公民的身体。”资料显示，由于当地警方超越职权范围，枉法办案，检察机关放弃法定职守，配合警方违法作为，致使秦中飞办公室遭到搜查，被戴上手铐右手反铐在墙上，总共被非法关押达29天之久。当地公安部门、检察机关对秦中飞一个月的关押完全属于非法羁押，秦中飞的人身自由受到严重侵犯。
一个本属自诉性质的案件，是当地党的主要负责人个人与秦中飞个人之间的争议，可公安部门、检法机关却知法犯法、出面帮忙大打出手，非法拘禁秦中飞，自甘做地方主要党政主要领导人个人的看家护院者。这很不应该，也发人深省。
（六）秦中飞案的启幕和落幕过程显露出我国在公民宪法权利保护方面还有重大的制度性缺失。这方面的制度性缺失至少有如下数种：
1、在我国现行体制下，各市（主要指县级市和一般的设区的市）、县的党的主要领导人事实上可以在本地统驭一切，权力过于集中。由于地方党的主要负责人事实上可以左右本地所有党的和各个地方国家机关的行为，这就为他们在他们认为必要时不受阻碍地超越宪法和法律行使权力提供了制度条件。一旦他们出于私利或其他考虑不能自觉守法遵纪时，其违法违纪行为、特别是违反宪法侵犯公民基本权利的行为通常很难受到制约。秦中飞案在很大程度上说明了这个问题的存在。在现行体制下，既然彭水县的党政一把手都是这个所谓诽谤案的“受害人”，县委书记已经放手让这些事情由公安机关“处理”，县委副书记兼政法委书记也表示 “秦中飞破坏了党和国家领导人形象，甚至牵扯到非法组织”，那么，公安局及其刑警队、国保大队还敢不闻风而动？检察院还敢依法不批捕？至于法院会怎么做，也是不难想象的事情。一旦形成如此局面，像秦中飞这样的犯罪嫌疑人、他的家人，以及本地区区一个律师，恐怕是无论如何也没法在法定制度内寻求到正义的。
