北京高院和广东高院认为用人单位对两年内支付劳动报酬承担举证责任，其依据是《工资支付暂行规定》中：用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。但此项义务仅为用人单位保留工资条两年的义务，也就是说，是加班费支付举证义务，但加班费支付的前提是存在加班事实，加班事实由谁举证？各地法院的规定也不尽相同。

　　浙江省高院关于审理劳动争议案件若干问题的意见2009(试行)第三十条：劳动者主张加班工资的，应对加班事实负举证责任。深圳中院关于审理劳动争议案件若干问题的指导意见（2009）中规定：劳动者主张加班工资，用人单位否认有加班的，用人单位应对劳动者未加班的事实负举证责任。两者的规定截然相反。

　　四、合理分配举证责任是处理加班工资纠纷的关键

　　加班费保护两年只是一个证据问题，如何合理分配举证责任就成为解决此类纠纷的关键。如果要求劳动者对加班事实举证，劳动者很难索要加班费；如果要求用人单位举证，用人单位有完善的考勤制度，尚能对员工加班时间举证，如果单位没有考勤制度又要求其承担不利后果，则导致劳动者说加班就有加班，用人单位会平白无故支付巨额加班费，明显有失公平。

　　张绍明律师认为，规定由劳动者或者用人单位一方举证都不尽合理，在查明加班事实时，应考虑以下因素综合分配举证责任。

　　1、单位由无考勤记录。用人单位以已经劳动者确认的电子考勤记录证明劳动者未加班的，对用人单位的电子考勤记录应予采信。如果劳动者由证据证明单位有考勤记录，用人单位拒绝提供的，应采信劳动者主张的时间。

　　2、单位是否有加班申请制度。因为只有用人单位安排的加班才有义务支付加班工资，如果单位有加班申请制度，应予以采信。

　　3、同行业工种性质和工作流程。

　　4、工资条中是否有加班费明细。

　　各地法院对加班工资只注重加班费是否支付，很多法院在回避加班事实举证责任问题。如北京市劳动和社会保障局北京市高级人民法院关于劳动争议案件法律适用问题研讨会会议纪要（2009年）23、用人单位与劳动者虽然未书面约定实际支付的工资是否包含加班工资，但用人单位有证据证明已支付的工资包含正常工作时间工资和加班工资的，可以认定用人单位已支付的工资包含加班工资。但折算后的正常工作时间工资低于当地最低工资标准的除外。南京市中院关于加班工资纠纷审理的若干法律适用意见宁中法[2009]213号第五条用人单位实际支付的工资未明确区分正常工作时间工资和加班工资，但用人单位有证据证明已支付的工资包含正常工作时间工资和加班工资的，可以认定用人单位已支付的工资包含加班工资，但折算后正常工作时间工资低于当地最低工资标准、计件工资中的劳动定额明显不合理的除外。从以上规定看，用人单位只要支付了加班费，劳动者领取后并无异议就推定已经支付加班工资，是否足额支付不予审查。