在中国行政法总论体系中，行政组织法的研究始终处于相对薄弱的状态。其原因是多重的。这一方面我国行政组织的设立和变动并未被完全纳入法治轨道，行政组织法律法规数量极少，体系极不完整；也部分因为行政法学很少去细腻地研究具体部门行政管理体制的发展与演进，因此很难构建出渗透行政法中国元素的行政组织法理论。而部门行政法恰好为行政组织法的发展与建构提供了肥沃的现实土壤。
以中国药品管理体制为例，自改革开放至1998年，卫生部药政管理局负责全国药品监督管理事务，1984年颁布的《中华人民共和国药品管理法》第45条第1款规定“县级以上卫生行政部门行使药品监督职权”。在1998年进行的国务院机构改革中，根据《国务院关于机构设置的通知》（国发[1998]5号）开始组建国家药品监督管理局，将国家药品监督管理局作为具有行政管理职能的国务院直属机构，在2001年修订后颁布的《中华人民共和国药品管理法》第5条中，规定了各级药品监督管理部门负责本行政区域内的药品监督管理工作。在2003年机构改革中，在原国家药品监督管理局的基础上组建了国家食品药品监督管理局。而在2008年机构改革中，国家食品药品监督管理局复归卫生部管理，改为“部委管理的国家局”。
如能冷静思忖药品监督管理体制的十年轮回，有助于我们去思考，在近些年次第形成的若干专业规制机构，如证监会、保监会、银监会、质检总局、安监总局、药监局等等，作为《国务院组织法》第11条意义上的“直属机构”，与《中华人民共和国宪法》第90条规定的国务院各部、各委员会，究竟有怎样的区别，与，和美国行政法上颇具特色的独立规制机构是否具有可比性。实际上，部门内设规制机构的法律地位，是我国未来行政法治和行政改革中必须直视的普遍性问题，这些相对独立的规制机构，应在法律地位、组织、负责人的任免、资金与预算、监督机制等方面仍具有相对独立的地位，所开展的工作并不限于政策的执行，仍应积极地去介入规制政策实体内容的形成之中。[26]
在1998年建立了省级以下相对垂直的药品规制体制，垂直管理是指上级政府部门对下级政府部门在特定行政领域的直接控制。而在2008年下发的《国务院办公厅关于调整省级以下食品药品监督管理体制有关问题的通知》[27]中，将药品监督管理机构由省级以下垂直管理改为地方政府分级管理。为此应研究在中国，面对跨区域的风险，面对风险规制能力的不足，面对发展导向的地方政府角色，在哪些领域有必要推行垂直管理；同时应去探究垂直管理和近年来快速扩张的“地方政府负总责”制度之间无法克服的内在张力，准确界定哪些领域、哪些事项应属于地方管理，应实现管理重心的下移，准确界定由地方政府负总责的领域。[28]
