我们认为在本案中马某某的行为已经触犯刑法125条之规定涉嫌非法制造枪支罪。

　　法理和证据分析：

　　1、马某某与大、小个子三人商定，大、小个子二人在其家中干活，租金每月1400元，另付伙食费300元，根据当地经济状况，1400元的租金属于畸高，此时其应该认识到二人可能将在其家进行非法活动。

　　2、大、小个子二人要求在其家中北房内挖宽1米、长1.5米、一人高的地窖，地窖内的电由二人亲自来接。后马某某根据二人的要求挖好了地窖，在地窖的上面做了个炕，旁边留一个供一人出入的小口。此时马某某应该认识到二人将在其家进行非法活动。

　　3、大、小个子接好电后，马某某按照二人的要求从镇上买了一根塑料管，安装在窖口顶部，做通气用。大、小个子来到其家中后，每天晚上进入地窖干活，马某某听到二人砸铁、磨光机的声音，此时马某某已经认识到二人在其家进行非法活动。

　　4、马某某在叫二人吃早饭时，看到地窖内已经制造好的零件，那些零件的模样像短枪零部件，也明白了二人在制造枪支，由于二人给他的报酬很高，没有制止、过问，更没有报警，继续提供帮助直到案发。马某某在明知大、小个子在其家中进行制造枪支非法活动时，不但没有制止而且继续为二人提供住宿、饮食、场地。

　　综上所述，犯罪嫌疑人马某某主观上有帮助他人制造枪支的故意，并且在客观上实施了帮助行为。刚开始大、小个子给其1400元租金，300元伙食费在其家干活时，作为一个具有刑事责任能力的成年人，应该产生合理怀疑，认识到二人可能将在家进行非法活动，但仍然为二人挖地窖、做炕，买塑料管、提供食宿等行为，大、小个子来到其家后晚上进入地窖干活，在听到二人砸铁、磨光机声音的异常时，仍然没有制止，在叫二人吃早饭时，看到地窖内已经制造好的零件，那些零件的模样像短枪零部件，已经明白了二人在制造枪支时，作为出租人的马某某有义务将此事报告公安机关，并进行制止，但其为了高额报酬依旧为二人提供帮助，没有采取任何措施，由于其长时间为二人提供帮助，致使二人的犯罪行为没有被公安机关发现，导致二人在地窖中制造出了61件枪支部件，其帮助行为与二人的犯罪行为具有时间、空间上的一致性和持续性，符合帮助犯的构成要件，具有较大的社会危害性，应当按照《刑法》125条、《最高人民法院关于审理非法制造、买卖、运输枪支、弹药、爆炸物等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第七条之规定，以涉嫌非法制造枪支罪追究其刑事责任。