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其一，建立一个全球性的环境组织，将所有的多边环境条约置于该机构之下，来保障多边环境条约的实施，同时协调不同条约间的冲突，弥补各条约间留下的真空，构造起一个协调统一的国际合作机制，比如，有人建议将联合国环境规划署升级为世界环境组织，以使其能与世界贸易组织处于相同的地位。[3]
其二，建立一个全球性的环境协调组织，保留根据各类专题环境公约而设立的组织机构或执行机构，协调国家、国际组织在环境与可持续发展领域内的合作。
第一种途径由一个统一的强力机构来对所有领域的环境问题进行管理，可以从根本上解决国际行政合作中的协调性问题。但是，短时间内建立这样一个全球性环境组织是比较困难的：首先，之前签订的专题性条约大都有自己的管理机构和相对独立的执行机制、合作机制，在资金支持、情报交流等方面其运作也各有不同，如何将各专题条约五花八门的管理机构整合为一体，将庞大的条约群置于一个机构的管理之下，实行统一的运作机制是个大难题；其次，如何解决这样一个国际行政机构的资金来源也是一个大难题，目前，各类国际组织机构庞大、预算惊人、效率低下，已经引起了世人的普遍不满，而且很多国际组织都面临着预算紧张的问题，在这样一个国际大背景下建立一个机构庞大的世界环境组织显然是不太现实的。因此，采用第二种途径，建立一个全球性的环境协调组织，加强国家间、国家与国际组织间及国际组织之间的合作，协调各专题条约组织间的矛盾，在现阶段是切实可行的。
（2）国际环境争端解决机制的协调。争端解决机制的建立，对国际行政合作有着重要的意义，它不仅对国际行政合作的顺利开展有至关重要的保障意义，而且还可以通过争端解决确立新的法律规则来指导国际行政合作的运行。从目前各类决议、文件及国际条约来看，争端解决的方法主要有以下几类：
第一，外交解决方式。外交解决方式是指有关国家通过外交途径和平解决跨国环境纠纷的方法。任何外交方式都是当事国主动进行的，充分保障争端当事国的自主权利，无论是当事国自己或在第三国介入的情况下作出的结论都只有政治作用，没有法律拘束力，同时，在解决过程中，不影响当事国采用其他解决方式。外交解决方式主要有以下几种：谈判与协商、斡旋与调停、调查和调解。
第二，法律解决方式。通过法律解决的方式主要有两种：①国际仲裁，是指当事国基于自愿将争端交付仲裁的，就承诺服从仲裁协议，从而使仲裁裁决对当事国具有法律拘束力。这是仲裁区别于斡旋、调停、和解等政治解决方法的一个最主要的特征。②国际诉讼，又称为国际环境争端的司法解决，是指通过国际性的法院或法庭，根据国际法的规则，以判决
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