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（2）由于发达国家和发展中国家整体发展水平的差距，现阶段它们在环境保护问题上的着力点也不同。发达国家社会、经济、文化各方面都已经发展到了一个较高水平，它们更加注重资源、环境等可持续发展问题的解决，甚至不惜以减缓发展为代价。但是对于发展中国家来说，由于社会、经济、科学技术等各方面远远落后于发达国家，最大的压力还是发展问题，而且它们认为贫穷和落后不利于环境保护问题的解决，所以主张通过发展来提高自身的经济发展水平和科技水平，从而增强可持续发展的能力。基于此原因，发达国家和发展中国家在国际合作中的侧重点以及预期的保护水平各有不同，是国际行政合作的一大障碍。
另外，像国家利益的冲突、大国霸权主义和环境利己主义以及冷战思维的延续等问题也不同程度的制约着国际行政合作机制的建立和发展。为求得国际环境保护行政合作的顺利开展，发达国家和发展中国家都要作出一定的妥协和让步，发展中国家应当在发展经济的同时，努力提高自身的可持续发展能力，将近期目标和远期目标有机的结合起来，避免重蹈发达国家以牺牲环境为代价来发展经济的覆辙，尽量同发达国家进行环境改造的步伐保持一致；发达国家应当勇于承担责任，在国际合作中真正的将共同但有区别的责任原则落到实处，因此发达国家应当秉着恢复和保护全球环境的大义，在资金和技术上，加强对对发展中国家支持，帮助它们能够尽快的获得自我恢复和发展的能力。
2．国际行政合作机制的协调性问题
从目前情形来看，国际环境保护行政合作机制已经基本形成了以联合国的宣言和文件为基础、以多边条约为框架、以区域性条约和双边条约为补充的雏形。但是，如此庞大的国际法律体系之间不可避免地会出现相互冲突的情况，况且有些领域内的国际合作还会以国际习惯法和一般国际法规则为法律依据，若想更好的落实环境保护实体问题的合作，提高合作效率，就必须协调好各类国际合作法律机制的关系。
（1）多边专题性国际条约间的协调性问题。从目前已签订的多边国际公约来看，往往是针对某一类环境问题来进行管理和控制，比如，1985年《保护臭氧层维也纳公约》只是在臭氧层问题上进行国际合作、1992年《生物多样性公约》只是在控制和保护生物多样性问题上进行国际合作。由于所关注的主题的不同，这些公约间还往往存在着矛盾，比如，《气候变化公约京都议定书》为了达到减少温室气体的目的而鼓励砍伐生长速度慢的原始森林、随后在原处栽种一些生长速度快的植物，而这是与《生物多样化公约》的政策目标和手段相背离：因为原始森林中含有极其丰富的物种、而新植林中物种则比较稀少。[2]我们知道地球生态系统是一个不可分割的整体，各种污染之间在一定条件下会相互影响、相互转化，这种传统的个别控制和保护的方法，不利于从整体上来恢复和保护地球生态系统。目前，少数发达国家已经开始在其国内法中采取了综合污染控制方法，对各种形式的污染和各种环境因子实行整体的、系统的控制。综合污染控制虽尚未得到国际条约的广泛承认，但其被推广却是大势所趋，且是客观规律的必然要求，早在1991年经济合作与发展组织理事会就提出了一项《关于综合污染预防和控制的建议》。那么，怎样才能解决这些专题性条约间的矛盾，更好的协调国际合作的机制呢？大致有两种途径：
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