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上述国际组织的决议和宣言为国际行政合作提供了原则性的规定，专题的多边条约、区域性条约和双边条约为国际行政合作提供了专门性的规定。从具体规定中也可抽象出关于国际环境保护行政合作的一般性原则。
1．全人类共同利益原则
一些重要的国际公约、国际组织的决议以及宣言大都体现了这一原则。1972年《斯德哥尔摩宣言》原则2宣布：“保护和改善人类环境，是关系到世界各国人民福利和全世界经济发展的一个重要问题，是世界各国人民的迫切愿望，是各国政府的责任”。1992年《里约环境与发展宣言》在其序言中阐明：“……怀着在各国、在社会各个关键性阶层和在人民之间开辟新的合作层面，从而建立一种新的、公平的全球伙伴关系的目标，致力于达成既尊重所有各方的利益，又保护全球环境与发展体系的国际协定，认识到我们的家乡—地球的整体性和相互依存性……”。从专题性国际公约来看，1992年《气候变化框架公约》在其序言中宣称：“承认地球气候的变化及其不利影响是人类共同关心的问题……决心为当代和后代保护气候系统”。1992年《生物多样化公约》在其序言中阐明：“……还意识到生物多样性对进化和保持生物圈的生命维持系统的重要性，确认生物多样性的保护是全人类的共同关切事项……期望加强和补充现有保护生物多样性和持久使用其组成部分的各项国际安排；并决心为今世后代的利益，保护和持久使用生物多样性……。”
2．国家主权原则
国家主权原则是国际法的最基本的原则之一，国际行政合作作为国际法体系的分支必然要受到该原则的约束。具体体现在以下两个方面：
（1）各国有权按照本国的可持续发展战略，开发利用本国的自然资源、制定本国的人口政策、建立符合本国国情的人权保护机制、建立本国的环境保护体系，而不受其他国家的干涉和影响。例如，1992年《生物多样化公约》在其序言中阐明：“……重申各国对它自己的生物资源具有主权权利……”。1992年《气候变化框架公约》在其序言中阐明：“……重申在应付气候变化的国际合作中的国家主权原则……”。
（2）在具体的国际行政事务的合作上，各国无论大小强弱，主权是平等的，每个国家都有权决定合作与否，与哪些国家进行合作，就哪些领域的问题进行合作等问题，不受其他国家干涉。
3．信守国际条约、尊重国际惯例原则
信守国际条约是国际法上一项古老的原则，主要是指条约缔结后，各方必须按照条约的规定，行使自己的权利，履行自己的义务，不得违反。国际环境保护行政合作主要是通过主权国家间签订双边或多边条约的方式来进行，当某些关于国际环境保护行政合作的具体问题没有公约调整时，各当事国在处理这类问题的时候通常会依据国际惯例。尊重国际惯例有利于各当事国缩短谈判的时间，尽快达成一致意见，从而迅速而有效地开展国际合作，提高效率，更好地解决所共同面临的资源环境问题。
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