其次，流域管理与地域管理相结合的管理体制在实践中无法应用。政府的资源管理权和经营权没有分离，形成很强的地方行政区域水资源管理权力，导致各自为政，具有浓厚的地方保护主义倾向。使流域管理机构在水资源管理、开发利用上受到事实上的架空，流域机构始终没有承担流域综合管理的职能[4]。
　　
　　第三，流域管理机构的职权过窄。以长江水利委员会为例，其职能有九项，但从其九大职能我们不难看出，长江委的职能主要限于防汛抗旱、水土保持和水利设施的建设与管理。但是，我们知道流域是一个大的综合性的生态系统，具有极高的整体性和关联性。在系统内部，任何一部分的变化都将不可避免地对整个流域产生重要影响。如果流域管理机构职权太窄，就不可能对整个流域的生态系统作出有效的管理，这将对整个流域的生态环境造成巨大的影响。
　　
　　（三）缺乏公众参与流域管理的机制。
　　
　　人是生态系统中的重要因素，用行动影响着环境。流域是一个人与自然环境相互作用的复杂生态系统，也是一种公共资源，对流域的管理要求充分发挥公众的作用。我国的流域管理一直是政府主导型的管理模式，缺乏公众参与的途径与方式。国外大多国家鼓励公众参与到流域管理中，如美国田纳西河流域管理的“地区资源管理理事会”、澳大利亚的“社区咨询委员会”等。公众参与到流域的管理中，充分体现了生态系统中人的作用，不但对可以为管理机关提供信息和智力支持，同时也可以使管理机构制定的政策得到顺畅的执行。
　　
　　二、国外流域管理中对综合生态系统管理模式的运用
　　
　　流域是一个复杂的生态系统，在管理的时候不能够简单的将水、土地、森林、生物等环境要素简单的割裂开来进行管理。另外，人作为流域生态系统中的重要一环不但享受着该生态系统内中的各种自然资源和优美的环境，同时其各种社会经济活动也在很大程度上影响到流域生态环境。因此，流域系统内任何人类生产活动，都必须立足于整个流域生态系统全面、系统、综合地进行考虑。
　　
　　在美国的田纳西河模式中田纳西河流域管理局（TVA）来统筹开发管理田纳西河流域，包括改善田纳西河的航运条件，控制洪水危害；在河流的边缘地带恢复林业、合理使用土地；明确河流溪谷中农业、工业发展条件；为与流域内国防工业合作开发创造条件；其它目标包括肥料生产试验、建设水库签订承包合同、销售剩余电能等。统一强效的TVA，大大超过了水资源管理本身，很好的实现了经济的、社会的和环境的多元惠益。
　　

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