首先，我国现行环境资源立法未将生态系统各组成部分、各环境要素当作统一整体予以综合管理。中国环境资源立法的显著特征之一就是按照不同种类和形式的环境要素和自然资源进行分门别类的立法。要加强森林资源的利用和保护，就制定《
森林法》；要强化土地资源的管理，就制定《
土地管理法》；要遏制土地沙化和土地流失，就制定《
防沙治沙法》、《
水土保持法》……结果造成对本属于生态系统统一组成的各个部分实施了分割管理，如水资源与土地资源的保护与管理本应统一实施，但关于水资源开发、利用和保护的立法很少能涉及到土地资源的保护，而有关土地资源保护的立法也几乎不涉及水源管理的内容。
其次，有些立法未能综合考虑社会、经济和自然的需要和价值。从立法的价值取向上来说，现行的一些有关自然资源开发利用的立法仅仅关注经济、社会或自然这几个价值中的某个单一的价值。要么只重视水、土地、生物多样性等自然资源开发利用所产生的经济效益和社会效益，要么只关注污染防治。因此这种“管理”的内涵比较单一，要么是单纯的开发利用，要么是单纯的保护。即便有一些立法明文规定要注重生态系统与社会经济的综合管理，也仅仅是停留在原则上的表述，还没有细化成具体的操作规范，更没有建立起一套合适的管理体制。这种原则表述的实施效果大多不尽人意。
再次，不善于综合利用行政的、市场的、社会的和法律的调整机制，调整手段单一。现行环境资源立法大多采用单纯的行政命令式的调整机制，遵循简单的“禁止——处罚”模式，而忽略采用其他的调整机制，如市场的和社会的机制。虽然有的立法较为重视公众参与和市场机制的作用，规定了一些市场和社会主体参与生态环境保护和建设的内容，但规定大多较为宏观、抽象、缺乏可操作性，在公众参与方面的立法也表现得十分谨慎，因此这些机制在具体实施中仍然面临不少问题。
笔者认为，要符合综合生态系统管理理念的要求，中国的环境资源立法要在立法理念方面进行以下三个方面的转变：一是由生态环境保护与经济发展相协调向经济发展与生态环境保护相协调转变，甚至在某些情况下应当坚持生态环境保护优先，彻底扭转生态环境恶化的趋势；二是由分散个别的防治管理向系统协调的管理转变，建立有利于生态环境要素综合管理的体制；三是由重行政轻民事向行政与民事并重转变，让公众更多地参与生态环境保护和建设的活动。
