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对此类问题，环境法学研究应当及时进行自我检讨。法学研究应当具有超脱性，应当以公平、正义理念为根本指导。而现在的环境法学研究中却夹杂了过多的利益因素，使研究在某种程度上沦落成为“行政解释学”，法学研究成果成为为部门利益正当化、合法化而进行论证的工具。研究综合生态系统管理的法律化，学者们不应当再沉醉于对现行立法的恭维与赞美，而应该真正重视解决实质问题。环境管理体制就是第一位的实质问题。
当然，法律作为化解社会矛盾、调和利益冲突的工具，其本身并不能对利益的取舍作出价值判断。法律的作用在于为利益冲突的解决提供一套行为准则和框架，依据这样的准则和框架，并结合人们对公平、正义理念的理解，人们才得以合理化解矛盾纠纷、解决利益冲突。因此，在研究环境管理体制这个重要问题的过程中，环境法学者的作用并不是讨论什么利益合理、什么利益不合理、什么部门重要或什么部门不重要，而是要探讨建立一个能够有效化解各种利益纷争的法律机制，通过建立合理的机制来逐一解决实质问题。
（二）利益分配问题
调整人的行为就意味着不可能做到绝对客观、利益无涉，综合生态系统管理同样如此。综合管理各种生态要素，不可能不与人打交道。从法律上来说，这是因为很多生态环境要素同时也具有自然资源的属性，而附着于其上的必然是各种形态的权利义务。对生态环境要素的管理必然会产生改变现有权利义务配置的结果。比如，对自然保护区或特别保护区中的自然生态要素进行统一管理，不得不面对的问题是原有附着于此区域的土地所有权、使用权、林权等如何变更的问题以及相应的补偿问题。如果不能成功解决这些问题，统一管理措施也必将难以取得良好效果，因为它得不到社会公众的理解和支持，不能与经济社会的发展相统一，甚至还会造成利益冲突的升级和复杂化。
正因如此，综合生态系统管理理念也格外重视开发、利用“人的因素”。在该理念的法律化过程中，更应当重视利益分配问题，充分体现法律的人文关怀。
然而，在现有的关于综合生态系统管理理念的环境法学研究成果中，很难看到有关利益分配研究的专门成果。学者们对待这个问题时，似乎遭遇了障目之叶，尽管近在眼前，但却视而不见。总是研究立法体系如何如何，却不愿致力于解决实质性的利益分配问题。
（三）立法理念问题
立法理念是一部法律的灵魂，是法律全部内容所遵循的最基本的价值。不同立法理念指导下的法律会在制度设计及实施的社会效果上产生显著的差异。我国现行环境资源立法并没有充分体现出综合生态系统管理理念的要求。
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