三、综合生态系统管理理念法律化的几个核心问题
笔者认为，综合生态系统管理理念在与法律对接的过程中，应着力遵循权利义务分析的法律思维来考察综合生态系统管理理念的法律化问题，主要应当注意解决以下几个核心问题：
（一）环境管理体制问题
环境管理体制是事关综合生态系统管理理念能否实现的首要问题。之所以这样说，是因为这一理念要求综合管理生态环境的各个要素，而如何做到综合管理，必然要求建立与之相适应的环境管理体制。这个环境管理体制并不一定要求建立唯一的生态环境管理机关，但起码要求在相关生态环境要素管理的各机关之间建立起有利于实现统一管理、协调管理的机制。如果一个国家有关生态环境要素管理的各国家机关之间互相扯皮、争权夺利，则受损的不是这些管理机关，生态环境要素却必然无法得到有效的保护。
建立相应的环境管理体制是贯彻实施生态系统管理理念的首要条件，这是不争的事实，但在我国，有关环境管理体制改革的进展却举步维艰。虽然国家环保总局已经晋升为环境保护部，但严格来说，在这一改革过程中，着实有些换汤不换药的色彩，管理部门职权的整合和重构始终没有取得实质性进展，甚至有人揶揄这一改革是一种行为艺术。有关生态环境要素管理的职权仍然由不同管理部门分割享有，且各部门间还存在着较为严重的部门利益冲突，由此所产生的是环境管理的低效率。在一些部门中，当谈及综合生态系统管理时，环境管理体制是一个极为敏感的话题。综合生态系统管理的概念来自于国外，国外学者在论述其实施时，总会提到建立统一、协调的环境管理体制，但当国内学者对其进行研究时，由于受到部门利益的干扰，大多对此避而不谈。
笔者认为，环境管理机构的设置看起来似乎与法律关系不大，是行政管理领域的问题，但其实它与法律密切相关。其中涉及的部门利益的冲突与调和虽然可以通过政治化的方式得以缓解，但长效机制只能是法律机制。法律的使命是协调利益冲突，在此亦不例外。而且必须首先解决好部门利益问题，才能真正落实综合生态系统管理的要求，进而调整其他类型的利益冲突。且不说其他方面，仅就立法体系而言，如果不解决部门利益问题，就永远也无法建立真正满足综合生态系统管理需要的立法体系。因为我国实行的是部门立法体制，在部门利益广泛存在的情况下，立法便成为各部门争夺部门利益的有力工具。在部门利益刺激之下，生态环境要素的分割立法往往就成为部门间互相斗争与妥协的结果。不消除部门利益这颗毒瘤，我国难免还会出现与《
水法》与《
水污染防治法》分割立法相类似的尴尬局面。
