然而，现阶段中国环境资源立法对综合生态系统管理理念的法律转化却恰好缺失了这个重要的“编程”过程，法律对该理念的反映大多是一种“直译”而非“意译”。近年来，国家有关部门已经尝试用综合生态系统管理理念来指导并评估中国有关环境资源立法的制定和实施，虽然立法数量众多，立法理念也颇为先进，但仔细观察，不难发现大多数立法在以综合生态系统管理理念为指导的同时，却又在立法体系的健全和制度设计的过程中陷入了旧的立法模式和立法思想之泥沼，导致这些立法徒具综合生态系统管理的外表，而缺失了关键的核心内容。
综合生态系统管理是管理自然资源和自然环境的一种综合管理战略和方法，它要求综合对待生态系统的各组成部分，综合考虑社会、经济、自然（包括环境、资源和生物等）的需要和价值，综合采用多学科的知识和方法，综合运用行政的、市场的和社会的调整机制，来解决资源利用、生态保护和生态系统退化的问题，以达到创造和实现经济的、社会的和环境的多元惠益，实现人与自然的和谐共处。在对综合生态系统管理理念的理解上，立法普遍注意到了“生态系统各组成部分”这个要件，但却忽视了最为关键的“综合”这个词语。在立法体系上表现为：我国已经针对各种生态要素建立了较为完备的环境资源立法体系，涵盖了土地资源管理与保护、森林、草原、野生动植物保护、水资源开发利用与保护和水、大气、海洋污染防治以及生态系统维护等各项内容，虽然还有所欠缺，如缺乏土地污染防治和湿地资源保护等专门立法，但从总体上来看，确实可以说已经较为完善。这是符合综合生态系统管理的保护生态系统各组成部分的要求的。然而与体系较为完善同时存在的是，不同生态要素立法之间的分割。立法分割不仅体现为形式上的分割，更重要的是造成了立法内容的重复或缺失。比如，《
环境影响评价法》规定了环境影响评价制度，要求在建设项目可行性论证阶段，需对该建设项目在建设过程中及建成后对生态环境的影响作出科学预测与评价。而《取水许可与水资源费征收管理条例》又规定了一项建设项目水资源论证制度，规定在涉水建设项目可行性论证阶段，需要对该建设项目在建设过程中及建成后对水资源的影响（包括对水量的影响和对水质的影响）作出科学预测与评价。很显然，环境影响评价制度与水资源论证制度的适用范围虽然不尽相同，但实质内容却有诸多相同之处。最为关键的是，二者存在适用范围竞合的可能性。如果一个建设项目是涉水建设项目，则其业主既应按照《
环境影响评价法》的要求履行环评义务，又须按照《取水许可与水资源费征收管理条例》的要求编制水资源论证报告，环评报告与水资源论证报告中很多内容都是重复的。对同样的论证事项，不同论证报告有可能会得出不同的论证结论。这不仅为行政相对人造成了不必要的负担，也给具体环境保护措施的采取带来了麻烦，不符合综合生态系统管理的精神。
