（一）农村环境治理主体：缺位
目前，我国农村环境治理以政府管制为主导，但政府环境管理体制的不合理，导致了农村环境治理主体的实质缺位。
1.农村基层环保机构配置与需求不符。首先，基层环保机构设置不合理。我国最基层环保部门是县一级环保机构, 大多乡镇一级尚无相关职能部门, 即使现在许多地方镇一级政府也建立了环保办公室、环保助理、环保员等环保机构，但他们在农村的工作仅限于农村工业这一块。[3]导致农村生活与农业环境成为环境管理真空。其次，农村基层环保机构配置薄弱，无法承担农村环境保护的繁重任务。相对大中城市的环境污染而言, 农村的污染源、污染范围、污染程度、污染物质及其危害性都具有不确定性, 特别是农业面源污染不像点源污染那样直观, 治理难度大。但我国环境管理机构配置从中央到地方却是一个倒“金字塔”结构，越往下数量越少、规模越小、环保专业技术人员越缺乏、环保技术装备越差，环境监管执法能力越薄弱，从而导致各县级环保部门对农村环境污染失察。
2.政府环境管理职能交叉导致环境治理的失控。我国《
环境保护法》第
七条规定，我国现行的环境监督管理是一种统一监督管理与分级分部门监督管理相结合的管理体制。环保部门对本辖区的环保工作实施统一监管，土地、矿产、林业等部门按照资源要素分别对环境资源保护实施监督管理。部门管理权力分割配置直接影响到生态系统的整体性治理。
3. 环境管理机构行政区域设置与环境治理的生态区域性相冲突。农村环境污染具有“面源性”，一旦环境受到污染或者生态遭受破坏，其蔓延与扩张是不受行政区域的限制，严格按行政区域设置的环境管理机构往往局限于本地区利益，无法从环境问题的系统性与整体性出发来进行环境治理。
总之，各部门环境监管职能横向分散,上下级环保机构纵向分离,跨地区环保机构地区分割,各个管理部门自成体系、各自为政,不同管理部门之间常常出现职责重叠、脱节或矛盾,造成政令不畅,难以发挥整体监管效果,导致管理资源浪费,环境资源错置。[4]
（二）农村环境治理公共投入：匮乏
我国的环保投入遵循地方各级政府对本辖区环境质量负责和“污染者负担”等原则，采取以地方和企业投入为主、中央政府给予必要扶持的政策。目前，我国绝大部分污染治理投资都是投向城市，呈现出经济发达地区投入高、城市投入高和经济欠发达地区投入低、农村投入低的“两高两低”现象。这就直接导致了农村环境治理的资金投入、技术投入以及环保基础设施投入严重短缺。
