2．自然资源保护单行法只重视资源的经济价值而对其生态价值的重视不够。众所周知，我国是采取自然资源保护和自然资源管理法律规范合为一个法律文件的立法形式(这种法律文件，我们可称之为自然资源法律、法规或规章)。其中自然资源保护规范的设立有两个目的，一是为了保护自然资源的经济价值(即保护国家对其持续开发利用所带来的经济利益)，二是保护自然资源作为环境要素给人类带来的生态效益。[33]应当认为，只有将自然资源作为环境要素加以保护时，这种意义上的自然资源保护法才真正属于
环境保护法的一部分。而从经济利益角度保护自然资源的法律规范，应属于经济法中的资源管理法。所以，对于涉及自然资源保护、自然资源管理的法律文件，既属于
环境保护法中的自然资源保护法律，也属于经济法中的资源管理法律。如我国的《
水法》、《
土地管理法》、《
森林法》、《
矿产资源法》、《
渔业法》、《
野生动物保护法》、《
水土保持法》等。将这一层次法律中的自然资源保护规范划入
环境保护法体系，归于
环境保护法部门法，既符合《
宪法》、《
环境保护法》的立法目的，也符合上述各种自然资源法的立法目的。过去，有人认为自然资源保护法律不是
环境保护法，只是其“相关法”或与
环境保护法并列组成资源环境法[34]，环境保护就是防治环境污染。这种认识是片面的，因为，它违背了《
宪法》和《
环境保护法》的精神，并导致了人们长期忽略对自然资源的保护.
世界上生态环境保护比较成功的国家，大多建立了完备的自然资源保护立法体系。我国建国以来，在加强自然资源保护立法方面作了大量的工作。可以说，我国的自然资源保护立法已初具规模，对加强自然资源保护，制止生态破坏，发挥了积极的作用。但问题也是明显的：
一是有些自然资源保护法未将维护生态平衡作为其立法目的。如《水法》[35]、《土地管理法》[36]、《矿产资源法》[37]、《渔业法》[38]，其立法目的只考虑到保护资源的经济价值，保护它是为了资源的持续利用，因而为实现立法目的而采取的经济手段，不可能着眼于生态环境保护，在有关征收的资源费中，也不可能考虑到资源本身的生态价值。
二是有些自然资源保护法在立法目的上规定了保护生态环境的内容，但对法律关系主体应该承但的保护生态环境的义务未作规定。如《
野生动物保护法》第
1条规定：“为保护、拯救珍贵、濒危野生动物，保护、发展和合理利用野生动物资源，维护生态平衡，制定本法”；《
森林法》第
1条规定：“为了保护、培育和合理利用森林资源，加快国土绿化，发挥森林蓄水保土、调节气候、改善环境和提供林产品的作用，适应社会主义建设和人民生活的需要，特制定本法”；《
海洋环境保护法》第
1条规定：“为了保护和改善海洋环境，保护海洋资源，防治污染损害，维护生态平衡……制定本法”等，这些法律对开发利用资源主体应该承担的保护生态环境的义务未作具体的规定，因而使“保护生态平衡”的立法目的无法实现。如《
森林法》第
18条规定：“……恢复森林植被，植树造林面积不得少于因占用、征用林地而减少的森林植被面积。”第35条规定：“采伐林木的单位和个人，必须按照采伐许可证规定的面积、株数、树种、期限完成更新造林任务，更新造林的面积和株数不得少于采伐的面积和株数。”这些规定，仅对恢复森林植被，更新造林义务作了规定，对森林砍伐后生态效益丧失如何补偿却未作规定。我们知道，砍伐一片森林所造成的生态功能丧失，靠补种同样数量的小树，其所提供的生态功能是无法与成熟林相提并论的，当中显然存在巨大的生态效益的丧失。这是因为二者的结构、作用、功能完全不一样。常言道：“十年树木”。树苗长成树林要花很长的时间，这期间其生态功能是逐渐递增的。况且，这样的规定也不能使森林数量恢复到原来状况的。因为，栽种的树苗本身有个成活率问题，树木在成长过程中容易遭受自然与人为因素的破坏，天灾人祸一旦发生，往往导致大片树苗毁灭性死亡。
3．
环境保护法基本制度亟待完善
环境保护法的基本制度，它是指为了实现
环境保护法的目的和任务，依据
环境保护法的基本原则制定的，调整某一类或者某一方面环境保护社会关系的，具有重大意义和起主要作用的法律规范的统称。[39]作为
环境保护法的基本制度，它不像基本原则那样无需法律明确规定，相反，它应当明确规定在环境保护法律规范中；同时，基本制度又不像原则那么抽象，它必须是
环境保护法基本原则的具体化。因此一个
环境保护法的基本制度必须包含有适用范围、具体要求及违反其要求的法律责任等具体内容。《
环境保护法》和其他环境保护单行法确立了许多环境法律制度，包括事前预防类、行为管制类、事后补救类等，如环境影响评价制度、“三同时”制度、排污收费制度、限期治理制度、突发环境事件应急预案制度，等等。这些法律制度是当时经济社会发展水平和法治状况的反映，有些已不太适应今天科学发展观的要求，更不能适应规范和指引生态文明建设的需要。现有的法律制度除了存在共性的问题[40]外，有些制度还各自存在问题，此外有些在环境保护过程中一些重要的行之有效的环境管理政策和措施并未得到法律的确认。在可持续发展战略的形势下，有些制度已经暴露出不能完全适应新形势需要的严重缺陷。如：
第一， 限期治理制度存在问题
《
环境保护法》第
29条规定：“中央或者省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，由省、自治区、直辖市人民政府决定。”可见，限期治理权属于人民政府，而不是环境保护行政主管部门。环境保护基本法对限期治理制度的规定存在两个方面问题：
