涉及国家秘密的政府信息在任何国家都被确定为强制例外信息。我国也是如此。条例规定，行政机关不得公开涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的政府信息。国家秘密不仅位列三类例外信息之首，而且是在任何情况下[除非解密]都不得公开的信息[与之不同的是，涉及商业秘密、个人隐私的政府信息在权利人同意或者基于公共利益需要的情况下是可以公开的]。我们之所以强调根据《保守国家秘密法》及其实施办法确定某政府信息是否为国家秘密，第一，是因为该法是我国关于保守国家秘密的专门法律，应当作为确定国家秘密的依据；第二，是意在强调必须是依照《保守国家秘密法》的规定，按照国家秘密及其密级具体范围的规定以及法定程序确定密级的，才能属于国家秘密，以防止行政机关为了逃避公开而滥用这一例外规定。具体来讲，以下几类情形不应认定为国家秘密：没有标明密级或者保密期限的；不属于国家秘密而标为国家秘密文件、资料的；国家秘密事项的保密期限届满而自行解密的；国家秘密事项在保密期限内不需要继续保密，已经由原确定密级和保密期限的机关、单位或者其上级机关解密的。在对国家秘密信息的审查方面，国际惯例是，法院一般只作程序审查，对于是否应当定密的实体问题，除非有证据证明行政机关有欺诈行为，法院基本上都尊重行政机关的决定。
第二，行政机关发布政府信息依照法律、行政法规和国家有关规定需要批准而未批准以及有关主管部门或者同级保密工作部门确定为不可以公开的。
除了事前的正常定密，条例还规定了政府信息发布的批准程序和政府信息发布的保密审查机制。关于政府信息发布的批准程序，条例规定：“行政机关发布政府信息依照国家有关规定需要批准的，未经批准不得发布。”某些政府信息需要批准才能发布，是因为这些政府信息比较重要，发布之后影响重大。至于哪些政府信息比较重要，国务院办公厅《关于施行＜中华人民共和国政府信息公开条例＞若干问题的意见》规定：“根据法律、行政法规和国家有关规定，发布农产品质量安全状况、重大传染病疫情、重大动物疫情、重要地理信息数据、统计信息等政府信息，要严格按照规定权限和程序执行。”《国务院工作规则》第五十一条规定：“国务院各部门发布涉及政府重要工作部署、经济社会发展重要问题、与群众利益密切相关事项的信息，要经过严格审定，重大情况要及时向国务院报告。”关于需要批准的事项，有一些法律、法规作出了规定，比如，《中华人民共和国测绘法》、《地质灾害防治条例》等。关于政府信息发布的保密审查机制，条例规定：“行政机关对政府信息不能确定是否可以公开时，应当依照法律、法规和国家有关规定报有关主管部门或者同级保密工作部门确定。”如果批准机关不予批准，或者保密审查结论将政府信息确定为不可以公开，就成为行政机关不予公开政府信息的依据。人民法院在进行审查判断时，如果认为批准行为确实属于依照国家有关规定报批和作出，保密审查结论真实有效，就应当认定为属于不予公开的法定事项。顺便指出，在行政法上，经上级行政机关批准的具体行政行为属于“多阶段行政行为”，被申请公开政府信息的机关作出的不予公开答复是最后阶段的行为。按照《若干解释》第十九条的规定，提起诉讼应当以在对外发生法律效力的文书上署名的机关为被告。
第三，涉及商业秘密、个人隐私的，但权利人同意公开或者不公开可能对公共利益造成重大影响的除外。
行政机关不得公开涉及商业秘密、个人隐私的政府信息，这也是条例明确规定的法定例外。首先讨论商业秘密。之所以把涉及商业秘密的政府信息作为公开的例外，一是对公民要求公开政府信息的权利与其他人的私人利益进行平衡；二是为了不至于妨害行政机关日后取得此类信息的能力。在政府信息是否涉及商业秘密的问题上，法院有审查判断的权力。根据《反不正当竞争法》第十条以及《最高人民法院关于审理反不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》的规定，商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。不为公众所知悉，也就是有关信息不为其所属领域的有关人员普遍知悉和容易获得，如果已经公开或者可以从其他公开渠道获得，就不构成这一要件；具有实用性，是指有关信息具有现实的或者潜在的商业价值，能为权利人带来竞争优势；至于是否采取了保密措施，人民法院可以从信息载体的特性、权利人的保密意愿、保密措施的可识别程度、他人通过正当方式获得的难易程度等方面进行审查认定。
应当指出的是，与国家秘密不同，涉及商业秘密、个人隐私的政府信息不属于强制例外，而是裁量例外。根据《政府信息公开条例》规定，如果经权利人同意公开，或者行政机关认为不公开可能对公共利益造成重大影响的，仍然可以予以公开。即使行政机关没有作出这种利益裁量的，法院也可以重新作出。
第四，公开后可能危及国家安全、公共安全、经济安全和社会稳定的。
条例第八条规定：“行政机关公开政府信息，不得危及国家安全、公共安全、经济安全和社会稳定。”由于“三安全一稳定”的条款见于总则部分，并非规定于“公开的范围”一章，因此，其是否属于法定例外存在不同的理解。有的研究者认为，本条规定的是政府信息公开应当保障公共利益的原则。所谓的公共利益，就体现在国家安全、公共安全、经济安全和社会稳定这几个方面。本文认为，对于公共利益保障原则的适用，应当属于行政机关裁量公开的情形。如果行政机关以“三安全一稳定”为由作出不予公开决定，应当说明理由。理由充分的，法院应当支持；反之，则不能支持。无论行政机关还是人民法院，都应当做到既要避免因随意公开政府信息、而损害公共利益，又要避免过分强调公共利益而剥夺公民获取政府信息的权利，尤其要防止裁量权力的滥用和误用，以“三安全一稳定”为托词故意逃避信息公开。
在日本，公开可能危害国家安全和公共安全的信息是被列为不公开信息的。《日本行政机关拥有信息公开法》第五条[三]项规定：“行政机关的首长有相当的理由认为公开可能危害国家安全，损害与其他国家、国际组织的信赖关系或使与其他国家或国际组织的交往受到不利益的信息”。第五条[四]项规定：“行政机关的首长有相当的理由认为公开可能妨碍犯罪预防、镇压或侦查、支持公诉、刑罚执行及其他公共安全和秩序维持的信息。”由上述规定可以解读出如下含义：第一，有关国家安全的信息，主要包括防卫关系信息和外交关系信息。有关公共安全的信息，主要包括刑事执法的信息。第二，“这些信息也不是作为事项而成为不公开信息，而是被限定在一定条件之下的不公开信息——由于公开，具有侵害国家安全的‘危险’”。第三，行政机关的首长对此有裁量权，也就是日本行政法所说的“要件裁量的承认”，但这种裁量应当在达到“有相当的理由”的程度下方可作出。[⑦]至于裁量问题与法院审查的关系，“法院一方面就行政行为中的各个判断过程承认行政厅在一定限度内的裁量，同时，也试图以某种方法对之进行控制。”这些方法包括对“裁量权的逾越和滥用”的控制、程序性控制、审查密度的提高。[⑧]在英国，也有论者指出，这些豁免通常都适用于披露将会“妨害”特定利益这一点，认为应该提高“实质性妨害”或“必要性”的标准。[⑨]
