生态学意义上的生态补偿概念侧重的是生态系统自我内部功能和其自然属性的研究，通过生态补偿促进生态系统良性的、优化的循环。这种生态自补偿成败的一个重要因素就是生态因子的自我更新能力，如果生态系统内部某一因子的自我补偿超过了其在一定时期、一定空间的能力，就必然导致整个生态系统的失衡，也将导致生态补偿的失败，这种后果的主要表现就是生态系统的破坏。因此，在该种情况下，生态系统的外部补偿就可以发挥弥补自补偿失败的作用。
　　
　　二、经济学意义上的生态补偿概念
　　
　　经济学强调价值和效益的最大化，通常以成本、收益、效率为原则来规范生态补偿，其构建的生态补偿概念主要以生态价值理论、公共物品理论、外部性理论为理论基础。
　　
　　（一）生态价值理论。价值是经济学中一个重要的要素，所谓生态价值就是指生态为人类提供各种服务功能，如：净化空气、涵养水源、调节气候、提供食物等等，是能满足人类需要的，具有利用价值。正如有的学者分析：自然资源作为自然力存在是无价值的，但人类为了保持经济社会长期的稳定发展，对自然资源的再生产投入的劳动，进行环境资源保护工作，使自然再生产过程和社会再生产过程结合起来。于是整个现存的、有用的、稀缺的自然资源都表现为一定的价值，其价值量的大小就是在自然资源的再生产过程中，在环境资源保护过程中，人类所投入的社会必要劳动时间。[3]但生态所具有的这些价值因生态系统受到不断的破坏，渐渐不能满足人们对其全部的需要，在这种背景下，生态价值理论应运而生，即生态资源通过市场途径保值增值，实现社会效益、经济效益和生态效益的统一，生态与经济协调发展。
　　
　　（二）公共物品理论。根据萨缪尔森对公共物品的定义——每个人消费这种产品不会导致别人对该产品消费的减少，这种物品具有非竞争性和非排他性。而生态资源属于公共物品的范畴，正是基于生态资源的这种属性。英国生态学家加里特·哈丁提出“公地悲剧”问题。最典型的例子就是哥顿在分析公海中过度捕鱼现象时提出的“公海悲剧”。[4]这必将导致生态系统的失衡、生态环境的严重破坏，而这一现象的深层原因是缺少一种有效的方式去限制过度放牧、过度捕捞的行为，更进一步说是缺少某种机制来遏制悲剧的发生。
　　
　　（三）外部性理论。外部性理论是经济学的基础理论之一。环境资源在生产和消费过程中产生的外部性主要反应在两方面：一是资源开发造成生态环境破坏所形成的外部成本；二是生态环境保护所产生的外部效益。由于这些成本或效益在生产或经营活动中没有得到很好的体现，从而导致了破坏生态环境的行为没有得到应该有的惩罚，保护生态环境产生的生态效益被他人无偿享有。庇古认为政府可以通过税收与补贴等经济干预手段使外部性“内部化“，而构建这种外部性内部化的制度就是制定生态补偿政策的核心目标。[5]

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